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En la Alta Edad Media (siglos V-XI) la Iglesia es la depositaria de la cultura. El cristianismo tiene una gran influencia en el mundo occidental y se hace difícil distinguir entre el ámbito religioso y el civil.
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Los nacientes monasterios recopilan e interpretan el pensamiento clásico grecorromano y la ciencia árabe. Pero las argumentaciones más difundidas proceden de los textos bastante bíblicos y de los Padres de la Iglesia
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En la Baja Edad Media (siglos XII-XV) la cultura pasa de los monasterios rurales a las escuelas catedralicias y a las universidades.
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Durante la Edad Moderna, la ciencia logra independizarse definitivamente de la religión. El Renacimiento propicia una transformación radical del pensamiento y de la cultura que facilita un gran desarrollo científico y técnico. El racionalismo aporta la valoración de la razón como único conocimiento posible y el empirismo, con la experiencia como única fuente del conocimiento. La Ilustración proclamó el culto a la razón y supondrá una separación Iglesia-Estado.
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La religión es atacada por los maestros de la sospecha (Marx, Nietzsche y Freud), que califican a la religión de opresora, aliméntate e infantil.
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Se reconoce la independencia de la ciencia y el pensamiento respecto de la fe. Surgen desde entonces relaciones de respeto y diálogo entre ambos ámbitos e incluso se produce una cierta apertura de algunos científicos a la trascendencia.
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Se reconoce la autonomía de ambas, en constante y respetuoso diálogo. Ciencia y fe han recuperado el lugar específico que les es propio.