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El guano es excremento de ave marina que se utiliza como fertilizante. Se firmaron contratos para el comercio del guano en 1841 y 1842, y desde entonces el guano se exportó desde las islas de Perú hasta países europeos, recibiendo mucho dinero a cambio. El dinero fue empleado mayormente en pagar deudas que exigían los españoles. Se demostró que de los 25 millones de pesos que pagaron 12 eran de origen fradulento.
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En 1864, una flota española desembarcó en las islas guaneras de Chincha, teniendo como pretexto el asesinato de un español y el cobro de las deudas de independencia, sin embargo, su motivo de llegada era robarse el guano. Mariano Pardo asumió el gobieno y firmó una alianza con Chile, Ecuador, y Bolivia. Lugo, en 1866 la flota se dirigió a Chile, donde lo esperaba la flota peruana-chilena. Luego se dirigió al callao donde El Perú salió victorioso el 2 de mayo.
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El partido político Partido Civil, fue el primero en el Perú. Estaba integrado por personas ricas, entre ellos empresarios, terratenientes y ascendados de diversas provincias, y su líder era el militar Manuel Prado y Lavalle. Se le denominó coloquialmente Civilismo, y su meta era sacar al Perú de la crisis. Al ganar Prado las elecciones, su gobierno utilizó los ingresos del guano en algunas obras, sin embargo, la crisis se lo impidió.
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La guerra del pacífico fue un conflicto entre Bolivia y Chile por el salitre. El Perú se vio involucrado por un pacto secreto de apoyo militar a Bolivia en caso de invasión. Duró cuatro años y terminó con el tratado de Ancón.
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Hubo un conflicto interno después de la guerra que dio lugar al segundo militarismo. Se caracterizó por la lucha por el poder entre los militares Miguel Iglesias y Andrés Cáceres. Hubo cierto crecimiento económico, gracias a la venta de la caña de azúcar y algodón.
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Periodo en el que el Perú fue gobernado por personalidades de la clase alta, entre ellos, intelectuales, terratenientes, hacendados, empresarios. Casi todos fueron del Partido Civil.
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El oncenio de Leguía duró 11 años, reeligiéndose múltiples veces al tagiversar las leyes a su favor, conviertiendo su gobierno en dictadura. Los aspectos positivos del oncenio fueron, más trabajadores estatales, mejor calidad de servicios médicos, escolares, y agrícolas. Terminó con el golpe de estado de 1930.
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Había un gran descontento popular debido a las constantes reelecciones de Leguía, por lo que hubo una sublevación en Arequipa dirigida por el general Luis Sánchez Cerro, que procedió a asumir el poder. Lo deja después de un tiempo, por lo que hubieron nuevas elecciones, saliendo nuevamente elegido. Fue asesinado en 1933, dejándo la presidencia al general Oscar Benavides.