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Juan María Echeverri publica la Independencia de Yucatán el 15 de Septiembre de 1821, debido a las diferencias que tenía el pueblo yucateco con el gobierno federalista.
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Para la elaboración de la Constitución de 1824, asistieron los congresistas yucatecos Lorenzo Zavala y Manuel Rejón.
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En 1825, se crea la Constitución yucateca inspirada en ser una República independiente
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En 1829, Juan Segundo Carvajal decide hacer un golpe apoyando al gobierno centralista, debido a esto, el ejército nacional federalista acaba con el golpe de estado.
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De nuevo, en 1834, se retoma la idea de Carvajal y se levanta en armas el estado, esta vez liderado por Francisco de Paula Toro, pero de nuevo vence el ejército nacional.
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Santiago Iman, el 29 de Mayo de 1839, crea un golpe federalista contra el gobierno, esta vez logra la victoria el ejército yucateco gracias a la ayuda de los caciques en Tizimín.
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Después de la lucha federalista, Santiago Méndez declaró por fin la independencia consolidada de Yucatán en 1841.
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En 1847 se efectúa una guerra de castas en Yucatán conformada por Cecilio Chi, Jacinto Pat entre otros; y el gobierno no puede defenderse y busca ayuda en el extranjero.
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En 1848 Después de que se le negó la ayuda al Yucatán en diversos países, no tuvo más remedio que pedir ayuda a México y este acepta con la condición de que se vuelva a anexar a la nación.