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Nació en el castillo de Loyola en Azpeitia, población de Guipúzcoa, cerca de los Pirineos.
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Su primera dedicación fueron las armas, siguiendo la tradición familiar. Sin embargo, una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha en defensa del castillo de Pamplona lo cual hizo que se dedicara a consagrarse a la religión.
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Se retiró inicialmente a hacer penitencia y oración en Montserrat y Manresa, donde empezó a elaborar el método ascético de los Ejercicios espirituales
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Ignacio por fin partió en peregrinación a Tierra Santa. Pidió limosna en el camino, se embarcó en Barcelona, pasó la Pascua en Roma, tomó otra nave en Venecia con rumbo a Chipre y de ahí se trasladó a Jaffa. Pero, al fin de su peregrinación por los Santos Lugares, el franciscano encargado de guardarlos le ordenó que abandonase Palestina, temeroso de que los mahometanos, enfurecidos por el proselitismo de Ignacio, le raptasen y pidiesen rescate por él.
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De regreso a España comenzó a estudiar (ya con 33 años y para poder afrontar mejor su proyecto de apostolado) en las universidades de Alcalá de Henares, Salamanca y París. Las primeras actividades de San Ignacio de Loyola difundiendo el método de los ejercicios espirituales le hicieron sospechoso de heterodoxia (asimilado a los «alumbrados» o a los seguidores de Erasmo de Rotterdam): en Castilla fue procesado, se le prohibió la predicación (1524) y hubo de interrumpir sus estudios.
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Se graduó como maestro en Artes (aunque no terminó los estudios de Teología), San Ignacio de Loyola consiguió reunir un grupo de seis compañeros a los que comunicó sus ideas y con los que sembró el germen de la Compañía de Jesús, haciendo juntos votos de pobreza y apostolado en la Cueva de Montmartre.
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Dos años más tarde, se reunió con sus compañeros en Venecia. Ante la imposibilidad de marchar a hacer vida religiosa en Palestina, por la guerra contra los turcos, se ofrecieron al papa Pablo III, quien les ordenó sacerdotes.
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Ignacio y sus compañeros decidieron formar una congregación religiosa para perpetuar su obra. En los años siguientes se dedicaron al apostolado, la enseñanza, el cuidado de enfermos y la definición de una nueva orden religiosa, la Compañía de Jesús, cuyos estatutos aprobó el papa y San Ignacio de Loyola, cuyo fervor y energía inspiraban al grupo, fue elegido por unanimidad su primer general.
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Aquejado de graves problemas de salud, San Ignacio de Loyola alcanzó a ver, sin embargo, en sus últimos años de vida, la expansión de la Compañía por Europa y América, con una fuerte presencia en la educación de la juventud y en el debate intelectual, en el apostolado y en la actividad misionera (destacando la labor en Asia de San Francisco Javier). Muerto Ignacio, le sucedió como general de los jesuitas su más estrecho colaborador, el castellano Diego Laínez.