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Las enfermedades en plantas fueron mencionadas en los libros mas antiguos escritos por el ser humano (el Viejo Testamento). Y eran temidas tanto como las enfermedades en humanos y las guerras.
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El muérdago era una planta parásita y se sugirio que para curar una planta de este parasito, se corte la parte que contenga al muérdago
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En Francia se paso la primera ley regulatoria en contra de las enfermedades en plantas. En donde se pidio al gobierno francés que cortara y destruyera los arbustos de agracejo para proteger al trigo de la oxidacion.
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El francés Thoullier observo que la enfermedad del ergotismo o Fuego Sagrado en realidad era dada por el consumo del ergot en granos contaminados. Y que no era humano era mas bien una enfermedad de las plantas.
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El botánico italiano Pier Antonio Micheli describió muchos géneros nuevos de hongos e ilustró sus estructuras reproductivas. También señaló que cuando se colocan en rodajas de melón, estas estructuras crecieron y produjeron el mismo tipo de hongo que los había producido. Propuso, por lo tanto, que los hongos surgen de sus propias esporas en lugar de espontáneamente.
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Carl Von Linneo publicó su libro "Systema Naturae" en el cual estableció el diagnóstico de especies de plantas y la nomenclatura binomial de las plantas.
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Del mismo modo, en 1743, el científico ingles Needham observó nematodos dentro de pequeños granos de trigo anormalmente redondeados pero él también falló en mostrar o sugerir que fueron estos la causa de la problema.
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Prevost un cientifico frances concluyó correctamente que eran las esporas que causaron la enfermedad del tizón en el trigo y que el reducido número de plantas de trigo contaminadas derivadas de la semilla tratada con sulfato de cobre se debió a la inhibición de la germinación del tizón por el sulfato de cobre. Las conclusiones de Prevost, no fueron aceptadas ya que se creia aun que se formaron a través de la generación espontánea y fueron el resultado más no la causa de la enfermedad.
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Los comienzos de la patología molecular de las plantas probablemente se remontan al aislamiento por W. Stanley en 1935 del virus del mosaico del tabaco (VMT).
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Sin embargo, fue en 1963 que Vanderplank a través del libro "Enfermedades de las plantas: epidemias y Control ", estableció la epidemiología como un importante e interesante campo de fitopatología. En su libro Vanderplank discutió los principios y variables en epidemias de enfermedades de las plantas, declaró la diferencia en el desarrollo y control de monocíclicos y policíclicos patógenos, y describió la estructura general y los patrones de epidemias.
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Se publicó el primer programa de simulación por computadora de epidemias de enfermedades de las plantas para la enfermedad del tizón temprano inducida por hongos del tomate y la papa. El programa de simulación se desarrolló modelando cada etapa del ciclo de vida del patógeno en función de varias condiciones ambientales diseñadas para estimular el patógeno.
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El pronóstico de enfermedades se ha convertido en un componente importante del manejo integrado de plagas (MIP) y ha ayudado a reducir la cantidad de pesticidas aplicados a los cultivos sin reducir los rendimientos.