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En la época prehispánica existía una intensa actividad comercial entre los pueblos mesoamericanos; tenían, además del trueque, sistemas de valor y medida que se empleaban para el intercambio de mercancías. Los tianguis o plazas de mercadeo estaban sujetos a reglamentos estrictos, cuyo cumplimiento era vigilado por inspectores especiales.
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En la época prehispánica existía una intensa actividad comercial entre los pueblos mesoamericanos; tenían, además del trueque, sistemas de valor y medida que se empleaban para el intercambio de mercancías.
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La formalización del comercio de España con sus colonias comenzó con la expedición de las reales cédulas de 1509, 1514, 1531 y 1535, que legitimaban el monopolio mercantil de ésta con los territorios recientemente conquistados. Para tal efecto, se instalaron en Nueva España las Casas de Contratación, en Veracruz, se inició la edificación de las primeras instalaciones portuarias.
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Debido a los constantes ataques de los barcos piratas ingleses y franceses a los puertos de Veracruz, Acapulco y Campeche, en 1597 se dispuso que los oficiales a cargo de la Casa de Contratación se trasladaran a la Banda de Buitrón, lugar situado frente a San Juan de Ulúa, hecho que permitió se instalara la aduana en tierra firme. En 1647, el rey Felipe IV vio la necesidad de que la ciudad contara con una aduana cerrada donde fueran captados todos los productos que entraban al puerto.
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En el puerto de Acapulco, el tráfico comercial se llevaba a cabo mediante esporádicas ordenanzas y cédulas reales; en 1702 se elaboró el primer reglamento para el tráfico comercial entre Filipinas y la Nueva España.
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El primer documento legal del México independiente fue el Arancel General Interno para los Gobiernos de las Aduanas Marítimas en el Comercio Libre del Imperio, publicado el 15 de diciembre de 1821.
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El 18 de noviembre de 1931 se expidió el Reglamento Interior de la Dirección General de Aduanas y el Reglamento Interior de la Secretaría de Hacienda. En su artículo 3 se ubicó a la Dirección de Aduanas dentro de las Oficinas de Servicios Generales, con la función de administrar, coordinar y controlar los impuestos, derechos y aprovechamientos aduanales.
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Se hicieron algunas modificaciones, principalmente en el manejo, almacenaje y custodia de mercancías de comercio exterior; el ingreso o extracción de mercancías por vía postal; el reconocimiento aduanero de mercancías; la valoración aduanera; la garantía de contribuciones para el régimen de tránsito de mercancías, los procedimientos administrativos y las infracciones aduaneras, entre otras.