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El equipo de futbol (Soccer) Universidad se funda el 2 de agosto de 1954, ingresando ese mismo año a la segunda división del futbol profesional.
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El club Universidad sostiene su primer encuentro oficial dentro del profesionalismo en 12 de septiembre de 1954 contra Monterrey.
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El Club Universidad solicitó a la Federación Mexicana de Futbol, descansar una temporada para que así pudiera reorganizar su estructura financiera y no caer en la quiebra. El equipo regresó para la temporada 59-60 bajo la tutela del Patronato Universitario.
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Los Pumas logran el tan ansiado ascenso a primera división al ganar 5 a 0 al Cataluña de Torreón y así asegurar el campeonato de segunda división.
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Cabinho llegaría al equipo en la temporada 1974 y se marcharía en la 79, jugó en 184 partidos y anotó en 151 ocasiones. Esto hace que Cabinho tenga el record del jugador con más goles de los Pumas.
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Los Pumas obtienen el campeonato de Copa de la temporada 74-75
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Hugo, ¨Hugol¨, Sánchez, debuto con los Pumas en el año de 1976 y se mantuvo hasta la temporada del 81. En su paso por lo Pumas marcó 104 goles en 200 encuentros. Hugo es el canterano más recordado y querido de la afición Puma, ya que tuvo un paso glorioso por el futbol europeo (Real Madrid) y porque fue el técnico que ganó el Bicampeonato.
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El equipo Universidad se alza con su primer campeonato en la temporada 1976-1977
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Los Pumas logran ganar por segunda vez el campeonato nacional, convirtiéndose en uno de los equipos consentidos de México.
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El tercer campeonato tardaría casi diez años, pero la escuadra auriazul seguiría siendo una de las consentidas de la afición capitalina.
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El Siglo XXl le caería de maravilla al equipo Universidad, ya que se convierten en los primeros Bicampeones del futbol mexicano (en formato ¨torneos cortos¨), además de ganar el Trofeo Santiago Brnabeú al Real Madrid
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En menos de 10 años, los Pumas harían el doble de títulos que tenían en el siglo pasado, en esta ocasión se coronarían al vencer al Club Pachuca en la final del torneo Clasura
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Hasta el momento el último campeonato que han conseguido los Pumas ha sido en el torneo Clausura 2011, al vencer a el equipo Morelia y así levantar su séptimo trofeo de liga