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El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad. El Fraile de la Calavera, en justicia se le da el título de Fundador de la Real Universidad de Guadalajara. El 18 de noviembre de 1791 el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad. Y al fin, el 3 de noviembre de 1792, se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara.
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En 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la 1ra. clausura de la Universidad. El en 1847, el Congreso del Estado decretó el Plan de Enseñanza Pública que suprimió la Universidad. Mariano Hurtado convenció al gobernador del Estado, Joaquín Angulo de no suprimirla. Al triunfar el Plan de Ayutla, en 1855, el gobernador del Departamento de Jalisco decretó la 2da. clausura. Con el triunfo militar de los liberales en 1860, el gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decretó la 3ra. clausura.