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El 12 de diciembre de 1771, entró en Guadalajara su vigésimo segundo obispo, fray Antonio Alcalde y Barriga, quien vendría a impulsar definitivamente la fundación de la Universidad. El Fraile de la Calavera, en justicia se le da el título de Fundador de la Real Universidad de Guadalajara. El 18 de noviembre de 1791 el rey Carlos IV otorgó la Cédula Real de Fundación de la Universidad. Y al fin, el 3 de noviembre de 1792, se inauguró solemnemente la Real Universidad de Guadalajara.
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En 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la 1ra. clausura de la Universidad. El en 1847, el Congreso del Estado decretó el Plan de Enseñanza Pública que suprimió la Universidad. Mariano Hurtado convenció al gobernador del Estado, Joaquín Angulo de no suprimirla. Al triunfar el Plan de Ayutla, en 1855, el gobernador del Departamento de Jalisco decretó la 2da. clausura. Con el triunfo militar de los liberales en 1860, el gobernador del Estado, Pedro Ogazón, decretó la 3ra. clausura.
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La enseñanza media y superior pasó al dominio directo y total del Gobierno del Estado de Jalisco. Políticos que llegaban a dar clases sin tener la más mínima idea de lo que supuestamente enseñaban. Lo que provocó el resurgimiento de la educación privada. A pesar de tantas dificultades y carencias, se gestó toda una generación de universitarios sin universidad.
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En 5/01/1924 el ingeniero Juan Salvador había impartido una conferencia con el tema “Proyecto de la fundación de la Universidad de Guadalajara”. Se eligió el 12 de octubre para la solemne inauguración. En la primera sesión del Consejo Universitario, se eligió el lema de la Universidad: “PIENSA Y TRABAJA”. De 1937 a 1989, la Universidad ha tenido catorce rectores. En consecuencia son miles los docentes que día a día ejercen el magisterio a lo largo del territorio jalisciense.
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En la Universidad de Guadalajara, reconocían la necesidad de conformar una Universidad moderna, eficiente, de calidad y al servicio de las necesidades del desarrollo sustentable. Estos propósitos quedaron plasmados en el Plan de Desarrollo Institucional, presentado en 1989 por el rector de la Universidad de Guadalajara Raúl Padilla López. A partir de la fundación de la Red, se ha logrado brindar oportunidades educativas a casi 100 mil alumnos más que los que había en 1994.