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Nació en la ribereña ciudad de Arica que pertenecía al Virreinato del Perú. Sus padres fueron el vasco Miguel Antonio Unanue y Montalivet y la ariqueña Manuela Pavón y Salgado de Araujo.
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se graduó en medicina.
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Se dedicó a la docencia tempranamente. Formó parte del grupo de intelectuales Sociedad Amantes del País,
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dirigió el Mercurio Peruano. Fue miembro de la Sociedad de Amantes del País.
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fundó el anfiteatro anatómico en el Hospital de San Andrés.
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Fue creador del Anfiteatro Anatómico de la Universidad de San Marcos
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publicó las Observaciones sobre el clima de Lima, a la que seguirían: Obras científicas y literarias, Proyecto de reglamento de comercio y Mi retiro y vuelta a la vida del campo.
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Tras su colaboración con los libertadores José de San Martín y Simón Bolívar, fue nombrado ministro de Hacienda
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le otorgan la cartera de Gobierno y Relaciones Exteriores, y en este mismo año se le nombra presidente del Consejo de Gobierno. También fue diputado y presidente del primer Congreso Constituyente DEL PERU
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fue designado ministro de Justicia y Negocios Eclesiásticos, pero tras la partida de Bolívar se retiró a su hacienda San Juan de Arona.
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Falleció el 15 de julio de 1833, a los 78 años, en San Vicente de Cañete, Perú.
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la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Federico Villarreal adoptó el nombre de "Hipólito Unanue" como homenaje a este ilustre médico peruano.