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La Conquista de México se refiere principalmente al sometimiento del estado mexica, logrado por Hernán Cortés en el nombre del rey Carlos I de España y a favor del Imperio español entre 1519 y 1521. El 13 de agosto de este último año, la ciudad de México-Tenochtitlan cayó en poder de los conquistadores españoles.
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Durante la Nueva España se descubren en 1552 las minas de plata de Mineral del Monte y Pachuca; con lo que se da inicio al establecimiento de una comunidad minera en la Comarca Minera.
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El 16 de noviembre de 1619, el virrey Diego Fernández de Córdoba y López de las Roelas, I marqués de Guadalcázar;. 49 concede licencia a 20 indios de la Hacienda de Santa Lucía, perteneciente a la Hacienda de San Javier en el Distrito de Pachuca, para que puedan andar a caballo, con silla, freno y llevar espuelas.
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El 28 de octubre de 1650, visita Pachuca el virrey Luis Enríquez de Guzmán, IX Conde de Alba de Liste.
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El 29 de septiembre de 1655, se inaugura un puente sobre el río Tula, en Ixmiquilpan que comunica con el Barrio de Progreso; inaugurado por el capitán Miguel de Cuevas y Dábalos.
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En 1666, se funda institución de las Cajas Reales en Pachuca, para fomentar el ramo de minería, recoger los derechos reales, quinto real y repartir los azogues.
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En 1677, se sublevan los indígenas de Ixmiquilpan, y asesinan al Gobernador del lugar porque los obligaba a trabajar en las minas de Pachuca.
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En 1748 por la escasez de fierro, acero, magistral, sal y otros efectos indispensables para el laboreo de las minas, el virrey Juan Francisco Güemes y Horcasitas establece en Pachuca el primer Banco de Avío para la minería.
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En 1750, el virrey Juan Francisco Güemes y Horcasitas favorece al José de Escandón para establecer ocho misiones, de las cuales tres debían fundar los religiosos de Pachuca.
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En 1773 el Colegio de Francisco de Pachuca se separa de la Provincia de San Diego de México y queda erigido en Colegio Apostólico. En este mismo año comienza la construcción de la iglesia de Zimapán.
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En 1776, Pedro Romero de Terreros pretendió suprimir el partido y reducir los jornales. Los mineros protestaron, y este movimiento se toma como el primer antecedente de los movimientos de huelga en México.
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Para el año de 1777, los misioneros de Pachuca establecieron una cadena de misiones en la Sierra Gorda para evangelizar a los indígenas de la región.
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El 13 de septiembre de 1812 Ignacio López Rayón, conmemora en Hidalgo por primera vez el “Grito de Dolores”.
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En 1821, durante la consumación, los generales insurgentes Nicolás Bravo y Guadalupe Victoria llegaron a Tulancingo.
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Después de terminada la independencia se formó el Primer Imperio Mexicano, en 1823 Pedro Espinosa, gobernante de Pachuca, se adhiere al Plan de Casa Mata y se pronuncia por la Primera República Federal de México.
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En 1828 las diferencias ideológicas enfrentaron a Nicolás Bravo y Guadalupe Victoria.
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Durante la Guerra de Estados Unidos-México se producen algunos enfrentamiento en Huejutla y Pachuca. Durante la Guerra de Reforma uno de los últimos conflictos se desarrolló en Pachuca y Mineral del Monte, donde los conservadores; Félix María Zuloaga y Leonardo Márquez fueron vencidos por el liberal Santiago Tapia y el coronel Porfirio Díaz el 20 de octubre de 1861.
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Debido a la Intervención francesa en México, cuando el emperador Maximiliano I tomó posesión de la corona de México, el presidente Benito Juárez tuvo que trasladar la capital de la república a diferentes regiones; durante este recorrido el 31 de mayo de 1863 rumbo al norte del país, su primera parada ocurrió en el pueblo de Tepeji del Río.
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Algunas batallas se desarrollaron en Huejutla e Ixmiquilpan; Maximiliano de Habsburgo visitó Pachuca de Soto, Mineral del Monte y Huasca de Ocampo del 26 de agosto al 2 de septiembre de 1865.
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El 16 de enero de 1869, el Congreso de la Unión emitió el Decreto de Erección del Estado de Hidalgo, por el presidente Benito Juárez, designando como capital del estado a la ciudad de Pachuca,15 a la cual le fue agregada la denominación «de Soto» en reconocimiento de Manuel Fernando Soto, originario de la ciudad de Tulancingo y quien es considerado el más importante impulsor en la creación del estado.
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El Porfiriato fue un periodo de estabilidad y mucho progreso económico en el territorio hidalguense especialmente en el desarrollo de las obras públicas para el saneamiento de las ciudades como Tula, Tulancingo y Pachuca.5 Pero también con severas desigualdades sociales lo que desencadeno la Revolución mexicana, campesinos inconformes del Valle del Mezquital y el Valle de Apan participaron en este conflicto.