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Es entonces cuando Alfonso VII, el Batallador, decide tomar la ciudad con ayuda de catalanes, francos, pisanos y genoveses (estos dieron su gentilicio a la playa en que desembarcaron, en Cabo de Gata); los ejércitos entraron en la ciudad el 17 de octubre de 1147.
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Durante el siglo XV, las luchas por el trono del reino de Granada se irán sucediendo, proclamándose rey de Almería Abdalá El Zagal, reinado que durará poco tiempo porque el 26 de diciembre de 1489, los Reyes Católicos conquistan la ciudad y El Zagal les entrega las llaves de Almería.
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Fue levantado el primer templo catedralico en 1496 bajo las órdenes del cardenal arzobispo de Toledo Pedro González de Mendoza sobre la antigua mezquita.
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Al brusco deterioro de las prosperidad de Almería se añadió una sucesión de terremotos, dos de los cuales fueron terribles: el de 1518, que elimina para siempre la Vera musulmana, matando a todos sus habitantes, y el de 1522, que se dejó sentir hasta en las Azores, y que devastó Almería por completo, convirtiéndola casi en un solar y siendo la principal causa de la destrucción de la práctica totalidad de los edificios que los árabes habían levantado en ella, así como de la catedral antigua
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El terremoto de 1522 la destruyó completamente y fue entonces cuando Fray Diego Fernández de Villalán, obispo de Almería, mandó construir el actual bajo la advocación de Nuestra Señora de la Encarnación.
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La Alpujarra almeriense donde en 1568 se rebela el laujareño Abén Humeya (nacido Fernando de Válor y convertido al islam); la insurreción se propaga a toda la provincia y pronto Vera es conquistada y Cuevas de Almanzora atacada.
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Tras un breve periodo de ocupación bizantina (el SE español fue el único territorio peninsular en su poder durante varios años), Suintila integra definitivamente a Almería en el reino visigodo el año 621 y expulsa a las fuerzas de Bizancio.
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En 1640 se edita el primer libro en Almería, a instancias del obispo José de la Cerda, lo que lentamente va abriendo el camino a nuevas iniciativas que vendrán con los ecos de la Ilustración.
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En efecto con la ocupación musulmana, iniciada el año 713 a manos fundamentalmente de poblaciones de origen beréber y árabe yemení, cuya más pronta aportación fue la remodelación sustancial del paisaje y método agrícola.
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Tras el ataque de Fatimí al arrabal de Bayyana, es cuando Abderramán III decide en el 955 amurallar el poblado primitivo de la ciudad