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Motor de 998cc con 5 válvulas, carburadores invertidos de gran diámetro de 40mm y un escape 4 en 1.
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Se adaptaron los colores y los gráficos de la R1 para estar a tono con la última moda.
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La actualización del modelo en 2000 tenía como objetivo mejorar el manejo y crear una respuesta más lineal del acelerador.
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En el año 2001 se presentó un nuevo esquema de colores y gráficos para mantener la YZF-R1 popular y al día.
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Se desarrolló una nueva generación de R1 para (aún) más rendimiento en las curvas y más control para el piloto.
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En 2003 se cambiaron los colores y gráficos para mantener la YZF-R1 popular para la mayoría de los pilotos modernos.
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Por primera vez se alcanzó en una motocicleta de producción una relación entre fuerza y peso de 1:1: ¡172 CV, 172 kg en peso seco!
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En 2005 se modernizaron los colores y los gráficos.
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Las especificaciones actualizadas aumentaron la potencia a 175 CV, principalmente debido a unas guías de la válvula de admisión más cortas.
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La quinta generación de la YZF-R1 se concentró en la maniobrabilidad de las motocicletas de 600cc.
