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En el siglo XVI, como una primera forma de administración la corona española dispuso del Real y Supremo Consejo de Indias y la Casa de Contratación de Sevilla, de tal manera que eran los órganos encargados del gobierno de los territorios españoles de ultramar.
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Durante el período que abarca la conquista de Tenochtitlán a la guerra de Indeendencia, la corona española recurrió a diferentes organismos de gobierno que, en todo caso, mantenían el centralismo.
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Trataron de dividir el territorio en provincias administrativas, prevaleciendo la tradición y la práctica centralista del gobierno.
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Al declararse la Independencia, se crearon cuatro ministerios: Secretaría de Relaciones Exteriores e Interiores, de Justicia y Negocios Eclesiásticos, de Hacienda Pública, de Marina y, de Guerra.
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La primera Constitución Política del México independiente, fue promulgada en 1824, tras el fallido intento de Agustín de Iturbide por establecer un gobierne de tipo imperial. En esta Carta Magna se determina que México será una república federal. Además, se abrió la posibilidad de crear las secretarías de Estado que fuesen necesarias para la organización del gobierno.
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Debido a los conflictos derivados de la organización del naciente país, hacia 1835 se promulgaron las llamadas Siete Leyes Constitucionales, que significaban un retorno al centralismo, lo que provocó alzamientos e. incluso, desprendimientos del territorio nacional, como fue el caso de Texas.
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Tras una serie de guerras internas y externas, que mermaron más la extensión territorial, sobrevino la Revolución de Ayutla, misma que llevó a la creación de una nueva constitución de corte liberal en 1857, y en la que se estableció como forma definitiva de gobierno el de la república federal. Además, se dio la separación entre iglesia y Estado.
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El 5 de febrero de 1917 se promulgó la CPEUM, que actualmente nos rige. En ella se plasmó el llamado modelo carrancista de la administración pública federal, el cual abría la posibilidad a la creación de diferentes secretarías y departamentos de Estado.
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Durante el mandato de Manuel Ávila Camacho se elevo de rango de departamentos de Marina y Trabajo a secretarías de Estado. Durante su administración, sorteó los vaivenes de la Segunda Guerra Mundial.
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En 1958 se envió un proyecto de una nueva Ley de Secretarías y Departamentos de Estado. Con la creación de la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, se derogó el ordenamiento de las secretarías y departamentos.
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Durante el sexenio de José López Portillo se aprobaron dos leyes que le dieron un nuevo sentido a la administración pública federal, estas son la Ley de Presupuesto, Contabilidad y Gasto Público, y la Ley de Deuda Pública.
