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El primero de enero de 1936-1937, entró en vigor la Ley de Justicia Fiscal y con ella inician las actividades del entonces Tribunal Fiscal de la Federación. Estaba integrado por 15 magistrados que podían actuar en Pleno o a través de cinco Salas; las cuales estaban formadas por tres magistrados cada una. La competencia era estrictamente fiscal
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La Ley de Justicia Fiscal, fue derogada por el Código Fiscal de la Federación de 1938, conservando igual competencia para el Tribunal. De igual manera, la competencia del Tribunal también se amplía al conocer sobre la legalidad de los requerimientos de pago realizados por la Secretaría de Hacienda y Crédito Público; exigir fianzas otorgadas a favor del Gobierno Federal; conocer las controversias que surgían por las resoluciones emitidas por el IMSS,etc.
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La ley de Depuración de Créditos de 1942 otorga al Tribunal Fiscal de la Federación la facultad de conocer de depuración de créditos a cargo del Gobierno Federal.
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Se crean dos Salas más, que aumenta el número de magistrados a veintiuno.
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Se expide una nueva Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, en la que se previeron aspectos orgánicos, incrementándose a 22 magistrados, integrando las 7 salas que ya existían, más el Presidente que no integraría sala, asimismo se establecieron las normas relativas a la competencia que tenían asignada. Se introduce el concepto de Organismos Fiscales Autónomos y se otorga al Tribunal facultades para conocer de los juicios de lesividad.
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A esta Ley la sustituye una nueva que se expide con el mismo nombre en el año de 1978 y en la que se prevé la Regionalización del Tribunal, creándose las Salas Regionales y la Sala Superior, precisándose la competencia de ambas, la diferencia fundamental era respecto a la cuantía del asunto; asimismo se prevé el recurso de revisión, con el que se otorga a la Sala Superior facultades para revisar las sentencias dictadas por las Salas Regionales
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Se expide un nuevo Código Fiscal, conservando básicamente las normas procesales en los mismos términos. Posteriormente se incluyen en este ordenamiento las disposiciones relativas a la queja, para lograr el adecuado cumplimiento de las sentencias.
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Se modifica el Código Fiscal y la Ley Orgánica del Tribunal, con el objeto de promover la simplificación administrativa, y se suprime la competencia que hasta ese entonces otorgaba la Ley para que la Sala Superior revisara las resoluciones de las Salas Regionales a través del recurso de revisión.
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Entra en vigor la Ley Orgánica del Tribunal Fiscal de la Federación, conservando su nombre y la competencia, pero modificando la integración de la Sala Superior de nueve magistrados a once, así como su forma de operación a través de Pleno o Secciones. Estas últimas conforme a la Ley son dos y se integran cada una con cinco magistrados.
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Hasta diciembre del año 2001 éste Tribunal se llamaba Tribunal Fiscal de la Federación, el Congreso aprobó reformas para el Tribunal, como son: el cambio de nombre de la Ley Orgánica y del nombre de la Institución, por el de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa. Asimismo, se le proporcionan facultades al Pleno para determinar las regiones y el número y sede de las Salas, así como la forma de integrar jurisprudencia
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Se reformó la fracción XIII del artículo 11 de esa ley, con el fin de establecer la competencia, no sólo para resolver los juicios en contra de resoluciones que concluyan el recurso de revisión de la Ley Federal de Procedimiento Administrativo, sino también para conocer de las controversias respecto de los actos dictados por las autoridades administrativas, que pongan fin a un procedimiento administrativo, a una instancia o resuelvan un expediente
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Son:
a) Se cambia el nombre de "Procedimiento Contencioso Administrativo" por el de "Juicio Contencioso Administrativo";
b) El actor debe señalar domicilio para oír y recibir notificaciones en la jurisdicción de la sala regional
c) se establece como facultad de las salas, y a petición de parte, el otorgamiento de la suspensión de la ejecución del acto impugnado;
d) se establece la posibilidad de señalar domicilio electrónico para recibir notificaciones
Etc. -
Se publicó en el Diario Oficial de la Federación la Ley Orgánica del Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, el 6 de diciembre del año 2007
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Con la entrada en vigor de la Ley Orgánica del Tribunal Federal de Justicia Administrativo, se abroga la Ley Orgánica del Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa
A partir de la entrada en vigor de la Ley General de Responsabilidades Administrativas, el Tribunal cuenta con 5 Salas Especializadas en materia de Responsabilidades Administrativas. Se cambia el nombre de Tribunal Federal de Justicia Fiscal y Administrativa, por el de Tribunal Federal de Justicia Administrativa