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Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles. A partir de esta fecha inicia el periodo de la historia de México conocido conocida como la colonia que dura tres siglos de 1521 a 1821.
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En 1521 Alonso de Avalos llegó a esta zona por el rumbo de Mazamitla. Los señoríos de la región, esperando sacudirse el yugo colimote, lo recibieron en paz; una Real Cédula del 22 de diciembre de 1522 dice que Don Alonso de Avalos fundó la ciudad de de Sayula como capital de la Provincia de Avalos
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A la llegada de Nuño de Guzmán a Pánuco actual estado de Veracruz el 24 de mayo de 1527, la única villa española que existía el Santiesteban del Puerto, que se encontraba a 357 km. de la ciudad de México. Inmediatamente a su llegada, Guzmán comenzó a aplicar una serie de medidas de reorganización, con el fin de limitar las medidas y el poder de Hernán Cortés. En su administración también se levantó el primer faro de la población y se "pacificaron".
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.En julio del año 1530 la expedición llegó a la región de Aztlán. Al empezar la temporada de lluvias, la expedición se quedó atrapada en la zona sin poder moverse durante meses.
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En recuerdo de la ciudad de Santiago de Compostela de España y en cumplimiento de una real cédula dada en Ocaña el 25 de enero de 1531 por la reina de España doña Juana de Castilla, en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia.
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En 1530 Nuño Beltrán de Guzmán acompañado por 500 soldados españoles y 15 mil mexicas, entró por La Barca rumbo a Tonallan. En su recorrido derrotó a los caciques de la región, desde Michoacán hasta Zacatecas, fundando un asentamiento que le sirviera como fuerte. Así en 1532 fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas. El asentamiento fue nombrado así en honor a la ciudad española del mismo nombre, misma de la que Nuño de Guzmán era originario.
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas —denominadas de forma genérica chichimecas— pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI. Durante esa época, varios pueblos indígenas ya habían sido conquistados previamente por los españoles, pero unidos rehusaron el sometimiento y se levantaron en armas.
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A partir de 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 comenzó el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.