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Luego de la llegada de los españoles, el gran emperador Moctezuma recibe con gran honor a Cortés y lo aloja en el palacio de Axayácatl, posteriormente toman como rehén a Moctezuma. 3 años después, los españoles tienen una gran derrota: La Noche Triste. Al morir Moctezuma sube al poder Cuitláhuac, sin embargo, lo sucede en el trono el joven Cuauhtémoc. El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc es capturado, significando la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles. -
En el año 1521, Alonso de Ávalos conquista la región y otros sitios, dándole inicio a la fundación de su provincia. -
Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería, el “muy magnífico señor” Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
El 24 de marzo de 1530 fue recibido pacíficamente por la hueytlatoani Itzcapilli Tzapotzinco. Sin embargo, fue atacado, empero, por los disidentes, y tras una dura batalla que fue ganada, se posesionó de Tonalá y de las poblaciones aledañas. -
Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.
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El 25 de enero de 1531, desde Ocaña, la emperatriz Isabel –en ausencia del emperador Carlos I– expidió una real cédula en la cual le ordenó que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia, y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela, lo cual ejecutó al recibir la cédula en enero de 1532. -
Cortés mandó realizar una expedición comandada por Nuño Beltrán de Guzmán, el cual colonizó y llevó a cabo varias masacres a causa de la belicosidad del pueblo chichimeco. La primera rebelión fue la guerra del Mixtón durante 1541 y 1542 por los malos tratos de los españoles hacia los indígenas, misma que representó el inicio de los cincuenta años de resistencia al yugo español. -
Nochistlán fue fundada en 1532 en la Mesa del Cerro.
Un año después, Guadalajara fue movida a la zona de Tonalá, donde permanecería durante aproximadamente 2 años.
En 1535 Guadalajara cambio a Tlacotán. La Perla Tapatía volvió a cambiar de asentamiento.
Finalmente, el 14 de febrero de 1542, 63 peninsulares jefes de familia fundaron la cuarta y definitiva ciudad de Guadalajara en el Valle de Atemajac, ya que este era un lugar seguro contra los ataques de los pobladores. -
Durante el gobierno del primer virrey de Nueva España, Antonio de Mendoza inició el proceso contra Nuño de Beltrán. La Corona española resolvió enjuiciarlo y envió al licenciado Diego Pérez de la Torre para investigarlo, quien lo encontró gravemente responsable, posteriormente le quitó el gobierno de la provincia y lo remitió preso con grilletes a España, donde murió encarcelado en el Castillo de Torrejón de Velasco en marzo de 1558.