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Los mexicas se rindieron el 13 de agosto de 1521, correspondiente al día "1 Coatl" del año "3 Calli" del mes Xocotlhuetzi. Supuestamente, Cortés demandó poco después el oro perdido durante La Noche Triste. Cuauhtémoc fue tomado como rehén y ejecutado varios años más tarde.
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Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco. Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería.
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Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda mas tarde conocida como provincia Ávalos.
Pero la conquista y la colonización definitivas de esas tierras fueron emprendidas en diciembre de 1529 por Nuño Beltrán de Guzmán -
Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529.
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Desde 1528, Nuño de Guzmán recibió instrucciones del rey de iniciar un juicio de infidencia contra Cortés. En 1529 se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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Una vez que recibió Nuño de Guzmán la Real Cedula procedió a renombrar la "villa del Espíritu Santo de la Mayor España" con el nombre de "Santiago de Galicia de Compostela", esa población es actualmente la ciudad de Tepic, capital del estado de Nayarit.
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Fundó Guadalajara en lo que hoy es Nochistlán, Zacatecas. El asentamiento fue nombrado así en honor a la ciudad española del mismo nombre, misma de la que Nuño de Guzmán era originario. Los conquistadores creían que este parecía ser el lugar ideal para crear una ciudad, con buen clima, tierra y bellezas naturales.
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Fue la rebelión más grande que enfrentaron los conquistadores durante la época colonial. Apenas unos años después de la caída de Tenochtitlan, el ejército del virrey Antonio de Mendoza aplastó el alzamiento de los pueblos chichimecas contra el despojo y el abuso de los invasores en lo que hoy es el occidente de México, e hizo escarmentar a los rebeldes.
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La segunda Guadalajara se asentó en Tonalá más que constituir un poblamiento, fue más bien una villa arrimada, ya que el poblado estaba en pugna entre la Corte, el Virrey y los vecinos. Luego también de haber permanecido poco tiempo, contra su voluntad Juan de Oñate se cambio en 1535 a las cercanías del pueblo indígena de Tlacotán.
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En 1535 Guadalajara cambio de domicilio a Tlacotán, lo que hoy es Ixtlahuacán del Río, aquí la ciudad era constantemente atacada por los indígenas. Después de un ataque muy fuerte, en el que murió Pedro de Alvarado, uno de los conquistadores de Tenochtitlán, la Perla Tapatía volvió a cambiar de asentamiento.
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Después de pacificar la zona tras la muerte de Pedro de Alvarado, Cristóbal de Oñate, gobernador de Nueva Galicia, convocó a sesión de Cabildo para emigrar al sur de la barranca. Ninguno llegaba a algún acuerdo ya que pensaban que a Nuño de Guzmán no le parecería un cambio más a la ciudad. Finalmente, el 14 de febrero de 1542, 63 peninsulares jefes de familia fundaron la cuarta y definitiva ciudad de Guadalajara cerca del río San Juan de Dios, parte trasera del Teatro Degollado.
