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Carlos I y la Dinastía de los Habsburgo gobernaron un extenso imperio a los largo de los siglos XVI y XVII, participando en numerosas guerras y problemas políticos, sociales o religiosos.
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En varias ciudades de Castilla, hidalgos castellanos, artesanos y comerciantes protestaron por el aumento de los impuestos propuesto por el rey Carlos I para conseguir ser elegido emperador alemán y por su falta de respeto a las leyes del reino.
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El ejército de los comuneros fue derrotado por las tropas de Carlos I en Villalar (Valladolid) el 23 de abril de 1521.
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Carlos I intervino durante su reinado en numerosas guerras para defender el catolicismo frente a la Reforma protestante y para mantener su autoridad imperial.
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Los problemas más graves se produjeron a raíz de la persecución de los moriscos de Granada, a quienes se les prohibió el uso de su lengua y sus vestidos, y la práctica de sus costumbres. Ello desencadenó la sublevación de las Alpujarras, que comportó la dispersión de unos 80.000 moriscos por otras zonas de la Península.
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Para frenar la expansión musulmana por el Mediterráneo, organizó una gran flota aliada, junto con el papa y Venecia, que se enfrentó a los turcos, a los que derrotó en la batalla de Lepanto.
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En la península Ibérica, Felipe II impuso por la fuerza la fidelidad a la ortodoxia. La existencia de muchos moriscos favoreció todavía más la persecución por motivos religiosos.
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El reinado de Felipe IV coincidió con el estallido de la Guerra de los Treinta Años, que fue a la vez un conflicto religioso y una pugna por la hegemonía europea.
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Como consecuencia del intento de reclutar a más soldados y aumentar los impuestos en los territorios hispánicos, tuvieron lugar los levantamientos de Andalucía, Cataluña y Portugal.
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La guerra entre la mayor parte de los contendientes finalizó con la Paz de Westfalia, que reconoció la independencia del norte de los Países Bajos por parte de la monarquía hispánica e hizo patente el declive del Imperio español de los Austrias.
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La muerte de Carlos II provocó un conflicto sucesorio entre los partidarios del futuro Felipe V de Borbón y Carlos de Austria.