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Santa Cruz se convierte en el protector de los 3 estados de la confederacion Peruano-Boliviana.
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Se proclama la creacion de la República del Estado Sur-peruana
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Se proclama la creacion de la República del Estado Nor-Peruano.
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Después de el anterior periodo de agitación política, la Confederación Perú-Boliviana fue proclamada el 28 de octubre de 1836. El Mariscal Santa Cruz se convirtió en protector supremo de cada uno de los estados del Perú y presidente de la República de Bolivia.
La confederación Perú -Boliviana se componía por tres estados: Estado Nor-peruano, Estado Sur-peruano y el Estado de Bolivia, y su capital fue la ciudad de Tacna, en el sur del Perú. -
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Después de la expedición de Freire, el ministro chileno Diego Portales decidió tomar la ofensiva y realizar una incursión sorpresa para impedir mayor interferencia del gobierno de la Confederación en los asuntos internos de Chile. Ordenó un allanamiento a la flota de la Confederación que estaba estacionado en el puerto del Callao, durante un ataque silencioso en la noche del 21 de agosto de 1836, los chilenos lograron la captura de tres barcos confederados..
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Santa Cruz decidio negociar con Chile en vez de ir a la guerra. El estuvo de acuerdo con todo menos con la disolucion de la confederacion, es este el motivo por el cual la confederacion le declara la guerra a Chile el 28 de diciembre de 1836
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A principios de 1837 en una Corte Marcial la ley fue aprobada, y todos los ciudadanos quedaron sujetas a una corte marcial por la duración de la guerra.
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En 1837 las fuerzas de Santa Cruz derrotaron a un ejército argentino enviado para derrocarlo. Para agravar aún más la posición chilena, la opinión pública chilena se oponia totalmente a una guerra que no entendía.
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La continua injerencia de la Santa Cruz en los asuntos internos de Argentina (conflictos limitrofes con la confederacion), trasladó a este país a también a declarar la guerra, el 9 de mayo de 1837
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El 4 de junio de 1837, el coronel José Antonio Vidaurre, Comandante del regimiento Maipo, capturo y encarcelado a Diego Portales mientras se encontraba pasando revista a las tropas en el cuartel del ejército en Quillota. El 4 de junio de 1837, el coronel José Antonio Vidaurre, Comandante del regimiento Maipo, capturo y encarcelado a Diego Portales mientras se encontraba pasando revista a las tropas en el cuartel del ejército en Quillota.
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El Almirante Manuel Blanco Encalada, A cargo de la defensa de Valparaíso, lo derrotó en las afueras del puerto, el Capitán Santiago Florín, Que estaba a cargo de vigilar a Diego Portales, le habría disparado cuando se enteró de la noticia de la derrota, el 6 de junio de 1837.
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La primera expedición militar chileno contra Santa Cruz y la Confederacion fue dirigida por Vicealmirante Manuel Blanco Encalada, quien fracasó y tuvo que someterse a la firma del Tratado de Paucarpata, el 17 de noviembre de 1837.
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El 25 de agosto 1839 el General Agustín Gamarra, después de asumir la presidencia del Perú, declaró oficialmente la disolución de la Confederación y la fusión de las Republicas Surperuano y Norperuana en una sola para ser llamada de nuevo Perú, Separada de Bolivia.
