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La region del Alto Perú fue separada administrativamente y se convirtió en una provincia del recién creado Virreinato del Río de la Plata.
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El territorio del Alto Perú (actual Bolivia) se independizó del gobierno español.
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El Mariscal Antonio José de Sucre fue elegido presidente de Bolivia.
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El Ejército peruano ingreso en La Paz, Bolivia el 28 de mayo de 1828. En estas circunstancias, Sucre se vio obligado a dimitir en septiembre, dejando el país para siempre.
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Bolívar no estaba de acuerdo con los planes de Gamarra y de Santa Cruz, ya que el contaba con su propio proyecto de federación para unir a la mayor parte de las antiguas colonias españolas "Federacion de los Andes". El Libertador furioso por la noticia en Bolivia, decidió declarar la guerra al Perú el 3 de junio de 1828.
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El Mariscal Andrés de Santa Cruz fue elegido presidente de Bolivia para reemplazar a José de Sucre, un cargo que mantendría por los próximos diez años.
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Con ello la guerra llegó a su fin.
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Un nuevo parlamento fue formado, pero esta vez era hostil hacia Gamarra.
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El General Orbegoso tuvo que lidiar con la rebelion de Felipe Salaverry que acabo con su gobierno en 1835 y se proclama Presidente de la Republica.
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En el Perú, se comenzó por dividir al Perú en dos Estados, se proclama la creacion de la República del Estado Sur-peruana y República Nor-peruana.
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La creación de la Confederación Perú-boliviana causó gran alarma en los países vecinos y despertó la oposición de Chile, debido no sólo a su gran extensión territorial, sino también a la amenaza que significaba la creacion de un estado tan rico en reservas de todo tipo en la zona.
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Fue firmado en el marco de la Guerra entre la Confederación Perú-Boliviana y el Ejército Restaurador Perú-Chile.
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El gobierno chileno organizó una segunda expedición, ayudado por tropas peruanas ( Agustin Gamarra, Ramon Castilla, etc)que se oponian al nuevo régimen, derrotó al Supremo Protector de la confederacion Perú-Boliviana en la Batalla de Yungay el 20 de enero de 1839 y obligó a la disolución de la Confederación peruano-boliviano.
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El General Agustín Gamarra, después de asumir la presidencia del Perú, declaró oficialmente la disolución de la Confederación y la fusión de las Republicas Surperuano y Norperuana en una sola para ser llamada de nuevo Perú, Separada de Bolivia.