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El Mariscal Antonio José de Sucre fue electo como presidente de Bolivia
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El Ejército peruano ingreso en La Paz, Bolivia el 28 de mayo de 1828. En estas circunstancias, Sucre se vio obligado a dimitir en septiembre, dejando el país para siempre.
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Bolívar no estaba de acuerdo con los planes de Gamarra y de Santa Cruz, ya que el contaba con su propio proyecto de federación para unir a la mayor parte de las antiguas colonias españolas "Federacion de los Andes". El Libertador furioso por la noticia en Bolivia, decidió declarar la guerra al Perú el 3 de junio de 1828.
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El Mariscal José de Sucre fue nombrado comandante del Ejército grancolombino pero poco después fue asesinado.
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Andrés de Santa Cruz fue proclamado presidente de Bolivia
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Después de la muerte de Bolívar en 1830, las tropas colombianas se retiraron y la guerra llegó a su fin.
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Un nuevo parlamento fue formado en 1833, pero esta vez era hostil hacia Gamarra. Dado que su mandato como presidente ya había terminado y no había tiempo para convocar a elecciones, se resolvió que una Convención Nacional elija a un Presidente provisorio
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El General Orbegoso también tuvo que lidiar con la rebelion de Felipe Salaverry que acabo con su gobierno en 1835 y se proclama Presidente de la Republica
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Después de el anterior periodo de agitación política, la Confederación Perú-Boliviana fue proclamada el 28 de octubre de 1836. El Mariscal Santa Cruz se convirtió en su protector supremo de cada uno de los estados del Perú y presidente de la República de Bolivia.
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En cada uno de los Estados de la Confederación había, desde 1837 hasta la disolución, un Presidente provisional en virtud del mariscal Andrés de Santa Cruz, quien era el Supremo protector de la Confederacion deacuerdo con la Constitución de 1837
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El 25 de agosto 1839 el General Agustín Gamarra, después de asumir la presidencia del Perú, declaró oficialmente la disolución de la Confederación y la fusión de las Republicas Surperuano y Norperuana en una sola para ser llamada de nuevo Perú, Separada de Bolivia.