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Instalado el 17 de abril de 1836 en la Asamblea de Sicuani (Cusco), comprendió los antiguos departamentos peruanos de Arequipa, Cusco, Ayacucho y Puno. La capital quedó establecida en la ciudad de Tacna.
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Instalado el 14 de junio de 1836 en la Asamblea de Tapacari, en el año de su unión, estaba dividido en los departamentos de Cochabamba, Chuquisaca, La Paz, Potosí y Santa Cruz y su capital era la ciudad de Sucre. El único presidente que tuvo durante la confederación fue Mariano Enrique Calvo Cuellar. Además, heredó los mismos símbolos de su periodo pre-confederal.
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Se instalo el 06 de agosto de 1836 en la asamblea de Huaura, comprendía los antiguos departamentos peruanos de La Libertad, Amazonas, Lima y Junín y su capital quedó establecida en la ciudad de Lima.
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El 28/10/1836, Santa Cruz firmó un Decreto Supremo creando la Confederación Perú- Boliviana.
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Ramón Herrera ( 1837- 1838)
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Luis José de Orbegoso y Moncada (1837 - 1838)
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El establecimiento definitivo de la Confederación se consolidó en el Congreso de Tacna (09/05/837), se reunieron los representantes de los tres estados: un cura, un militar y un abogado, ese mismo día, Santa Cruz tomó el poder como Supremo Protector de la Confederación Perú-Boliviana, se estableció por sede de gobierno el Palacio de descanso del Virrey Pezuela, en el pueblo de Magdalena, Lima, Perú.
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José de la Riva Agüero (1838 - 1839).
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Pío de Tristán (1838 - 1839).