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Los orígenes de la colonia El Niño se remontan a la tragedia de las inundaciones en Tijuana. Las lluvias torrenciales habian azotado la ciudad, causando estragos en diversas zonas, incluyendo el área donde hoy se encuentra la colonia. Provocando cientos de casos de hogares y pertenencias destruidos a causa de las inundaciones.
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Tras las terribles lluvias del 1993, el gobierno local, las organizaciones civiles y la propia comunidad, se vieron obligados a tomar medidas urgentes para atender las necesidades de los perjudicados. En el año 1997, se seleccionó un terreno elevado y menos susceptible a inundaciones, ubicado al este de la ciudad, conocido como a lo que ahora es El Niño.
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La Telesecundaria 39 se establece en la colonia El Niño.
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Finalmente, despues de mas de 5 años del suceso, en el año 1998, las familias afectadas por culpa de las inundaciones del 1993 pudieron mudarse a sus nuevas casas en la colonia El Niño.
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En el lugar donde ahora se encuentran las canchas, anteriormente se encontraba una superficie de tierra sin pavimentar que se utilizaba como estacionamiento.
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La Colonia se encontraba casi desierta, sin tiendas ni otros establecimientos. Muy pocos lugares estaban habitados, y muchos aún se encontraban en construcción.
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La escuela primaria "Héroes de la Nación" se establece en la colonia El Niño.
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Se inaugura "El Charalito".
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La colonia El Niño recibe un nuevo plantel del Estudios Científicos y Tecnológicos del Estado de Baja California (CECyTE BC).
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Se abre un nuevo comedor en la colonia El Niño.
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Una pipa de gas LP con 18 mil litros de capacidad sufrió una fuga en la colonia. Este incidente provocó el desalojo de más de 3500 residentes.
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En la madrugada, Aide Fierro Castro y sus hijas fueron brutalmente golpeadas en su hogar por cuatro personas que irrumpieron en su hogar con la intención de robar. Al finalizar el crimen, los agresores prendieron fuego a la casa en un intento de borrar las evidencias.
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El comedor comunitario tuvo que cerrar sus puertas debido a la baja cantidad de clientes.
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Tras el cierre del comedor comunitario, los que se encontraban en el comedor se pasan a la iglesia Comunidad Cristiana El Niño.
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Se inagura un nuevo comedor en la primaria "Héroes de la Nación".
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El hombre vivia en la calle "Valle de San Quintin". Un día, mientras conversaba con su hijo en el exterior de su casa, fue atacado por varias personas y le dispararon , causándole la muerte en la puerta de su hogar.
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Se inaugura una tienda Oxxo en la colonia El Niño.
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Se construyen las canchas en la colonia El Niño.
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Se inaugura El Florido en la colonia.