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Comienzan a surgir tensiones entre los Senju y los Uchiha por el control del territorio dentro del País del Fuego.
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Durante este período, los clanes del País del Fuego se encontraban en una guerra. El Clan Senju se enfrentaba al Clan Uchiha, y otros como el Sarutobi y el Shimura trataban de ganar influencia política.
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Las guerras entre clanes continúan. El padre de Hiruzen, Sasuke Sarutobi, obtiene el control de la mayor parte del País del Fuego aliándose con el Daimyo.
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Las guerras entre clanes terminan con el Tratado de Paz entre Hashirama Senju y Madara Uchiha. Con ayuda de Sasuke Sarutobi y Hanzo Shimura fundan la Aldea Oculta de la Hoja, una ciudad militar que se convertiría en la sede de los ninjas del país. Los países circundantes copiarían este movimiento creando el resto de Aldeas Ocultas.
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Los Kages de las Cinco Grandes Aldeas se reúnen en territorio neutral para realizar la primera Cumbre, donde se reparten los Biju entre ellos.
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Madara y Hashirama se enfrentan en el Valle del Fin, empleando el Uchiha al Kyubi como arma. Hashirama vence a su oponente, pero Madara sobrevive gracias al Izanagi y se mantiene con vida gracias al Arbol Divino.
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Nace la nieta de Hashirama, hija de Tenma Senju. Durante este tiempo hubo un gran período de paz, ya que Madara Uchiha había sido derrotado por Hashirama en el Valle del Fin.
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El Primer Hokage Hashirama Senju fallece a los 46 años debido a una insuficiencia de chakra. Se especula que es debido a que su organismo hiperdesarrollado consumió sus células a una velocidad el doble de lo normal (tenía las células de un hombre de 92 años) debido a la gran cantidad de combates que libró.
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La repartición de los Biju dejó descontentas a algunas naciones, en especial a Sunagakure. Las exigencias de la aldea fueron rechazadas, por lo que comenzaron una invasión contra la Hoja. Kirigakure se unió al bando de Suna, buscando obtener más Bijus. Konoha pidió ayuda a Iwa y a Kumo, pero Iwa se negó recordando las amenazas de Madara, y Kumo no llegó a tiempo, pues sus rebeldes fueron más rápidos. Kiri invadió a Iwa en algunos territorios, y los Kages de ambas aldeas se asesinaron mutuamente.
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El Segundo Hokage Tobirama Senju muere durante la Primera Guerra Ninja al ser emboscado por los rebeldes de la Nube, Ginkaku y Kinkaku, cuando iba a formar una alianza con el Segundo Raikage. La causa de la muerte es desconocida, pero los gemelos murieron también durante ese combate.
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La Aldea de Konoha mantiene la supremacía durante varios años a pesar de salir malparada de la Primera Guerra Ninja (gracias a Hiruzen y a Sasuke Sarutobi en parte). Las demás están muy por detrás económica y tecnológicamente.
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Durante varios años se mantiene la paz en el mundo. Las Aldeas Ocultas avanzan enormemente, y dejan de ser ciudades militares al uso para ser prácticamente las "segundas capitales" de sus respectivos países. Aún así, la Hoja se mantiene muy por delante del resto.
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Konoha y el País del Fuego imponen un bloqueo comercial entre naciones al ocupar la posición central del continente, y extiende su influencia a otros países pequeños. Ante esto, Iwa, Suna y Kiri se alían para sabotear a la Hoja, y dan comienzo a la Segunda Guerra. Los rivales de Konoha se alían con los países más pequeños como la Lluvia, y comienzan una guerra de guerrillas de la que Konoha sale muy perjudicada, aunque acaba ganando la guerra. Kumo se mantiene ajena al conflicto.
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Tras la fallida misión de Sakumo Hatake, un equipo insurgente de la Hoja ataca un punto de reunión entre el Daimyo de la Tierra y el Rayo, matando a ambos. Kumo e Iwa se alían para acabar con Konoha, y se suman Kiri y Suna, buscando represalias por las derrotas del pasado. Se usan múltiples Bijuu durante el conflicto. Finalmente, el Tercer Mizukage y el Tercer Raikage mueren, y sumada a la rendición de Onoki y Rassa el conflicto termina con la victoria de Konoha.
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El mismo día que nace Naruto, Obito invoca al Kyubi en Konoha, lo que causa una gran destrucción en la aldea. El Cuarto Hokage Minato Namikaze y su esposa Kushina son asesinados y el Kyubi es sellado en su hijo.
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La aldea se encuentra en momentos difíciles tras el ataque del Kyubi. Los Uchihas son discriminados por la aldea debido a que muchos creen en su implicación en el ataque terrorista. Orochimaru deja la aldea para comenzar sus experimentos.
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Itachi y Obito acaban con todos los miembros del Clan Uchiha excepto con Sasuke. Danzo obtiene el Koto Amatsukami.
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En este año se desenvuelven los acontecimientos de la primera parte de la serie original. Entre lo más destacado, tres Kages pierden la vida este año: Hiruzen, Rassa y Yagura, dos por culpa de Orochimaru y uno por Akatsuki.
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En este año se dan los acontecimientos de la primera parte de Naruto Shippūden, aproximadamente hasta la destrucción de Konoha. Durante este año, la organización terrorista conocida como Akatsuki se movió por los países buscando obtener el control de los Biju.
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Obito Uchiha da comienzo a la 4ª Guerra Ninja, donde la organización terrorista Akatsuki se enfrentó a las Cinco Grandes Naciones Ninja y los samuráis del País del Hierro. Durante esta guerra volvieron a la vida varios ninjas del pasado, entre ellos Madara Uchiha y Kaguya Otsutsuki. Naruto Uzumaki y Sasuke Uchiha detuvieron el conflicto y establecieron la paz en el continente.