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El cura Miguel Hidalgo obtuvo de su santuario en Atotonilco un óleo con la imagen de la Virgen de Guadalupe y lo ocupó como estandarte del movimiento independentista.
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Aparece por primera vez en el centro de la bandera, un águila coronada, la cual está posada sobre un nopal que hace referencia al origen y fundación de Tenochtitlán. El General José María Morelos y Pavón identificó a su ejército con esta bandera albiazul.
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La bandera se tiñe con los colores verde, blanco y rojo. Con la proclamación del Plan de Iguala, el Ejército Trigarante tomó este emblema como símbolo de identidad. Los colores se separan por franjas diagonales, el orden es diferente al actual y en el centro tiene una corona que significó la transición hacia el primer imperio mexicano gobernado por Agustín Iturbide.
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Las franjas de la bandera se colocan de manera vertical y reaparece la imagen del águila coronada, posada con el pie izquierdo sobre un nopal.