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No publicó ninguna obra en vida: toda su producción poética la recoge Juan Boscán y es publicada en 1492 junto con poemas suyos. En 1569 se publica por separado la obra de Garcilaso. En 1577 revisan la ultima edición añadiendo algunas obras más. En 1580 Fernando de Herrera publica otra edición comentada.
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Algunas de sus obras más importantes fueron:
Las moradas.
Castillo interior.
La vida (1562-1565)
Relaciones espirituales. -
Fue un gran conocedor de la teología, la bíblica y escribió varios comentarios en latín y diferentes libros sobre la Biblia. El conocimiento que tenía sobre las lenguas bíblicas (hebreo y griego) le facilitó el acceso a los textos originales. También escribió obras en prosa y verso en castellano.
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Algunas de sus obras más importantes fueron:
Subida al monte Carmelo (1578-1583)
Noche oscura del alma.
Cántico espiritual (1584)
Llama de amor viva (1585)