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Nació en La Paz, hijo de Joseph Santa Cruz Villavicencio, criollo nacido en Huamanga y de Juana Basilia Calavmana. Es nieto de Andrés Santa Cruz Castro e Ildefonsa Villavicencio Ibáñez nacidos en el Bajo Perú y Matías Calavmana Cacique de Huarina y de Justa Salazar y Manzaneda.
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En julio, a instancias de su padre, se alista en el ejército de José Manuel de Goyeneche que se halla en Zepita a orillas del lago Titicaca, reclutando tropas. El 14 de noviembre Goyeneche es derrotado en Aroma por Esteban Arce. Santa Cruz participa en la batalla.
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Bajo las órdenes de Joaquín de la Pezuela participa del triunfo realista en Ayouma.
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Tras una larga campaña, ya como capitán, participa en la victoria frente a Vicente Camargo en Cinti en la que Pezuela termina con la republiqueta de Cinti.
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Bajo el mando del Cnl. Mateo Ramírez, siendo Tte. Cnl., es derrotado por Gregorio Araoz de la Madrid en Tarija. Ramírez capitula ante el jefe patriota.
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Es destinado como comandante de dragones en la división jefaturizada por Diego O´Reilly. O´Reilly es derrotado en Cerro de Pasco por las tropas de José de San Martín. Santa Cruz es tomado prisionero.
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Ensu primera misión bajo las armas de las fuerzas patriotas, derrota a un contingente realista en las afueras de Trujillo. Es ascendido a Coronel y recibe la condecoración del Sol.
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Tras una victoriosa campaña de Cuenca a Quito, el 24 de mayo el ejército de Sucre del que Santa Cruz es Jefe de Estado Mayor, derrota a las fuerzas españolas en Pichincha. El jefe español Aymerich entrega Quito, decretándose la independencia del Ecuador. El 13 de junio, por sus méritos en Pichincha, Bolívar lo asciende a General.
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Tras el fracaso de la junta Gubernativa del Perú en el enfrentamiento de Torata frente a los español
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En Junio, ante la ofenciva del realista Canterac, Santa Cruz Ocupa el sur del Perú.
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En la fecha ataca en Zepirrota, como producto de esa victoria recibe el título de Mariscal.
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Bolivar lo llama y se hace cargo del ejército peruano, para luego convertirse en jefe de Estado Mayor de su ejército.
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Andrés de Santa Cruz es nombrado prefecto de Chuquisaca.
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En el aniversario de la batalla de Junín, la asamblea reunida en Chuquisaca declara la independencia de Bolivia, Santa Cruz está en la ciudad como su maxima autoridad.
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A tiempo de dejar territorio Boliviano, Bolivar designa a Sucre como su sucesor en la presidencia y estipula que en caso de enfermedad, ausencia o muerte de Sucre se nombre a Andres de Santa cruz en su lugar.
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Es parte del la directiva del Perú, además es designado, además de prefecto de Chuquisaca, prefecto de La Paz, ciudad a la que llega en Enero.
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El congreso de Bolivia lo elige y a su vez elige Vicepresidente a José Miguel de Velasco.
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Se hace cargo del gobierno y abandona Chile, pero no llega a posesionarse.
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El congreso Boliviano ha vuelto a hacer una elección y ha hecho Presidente a Pedro Blanco.
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Jura como Presidente. Proclama la ley del olvido, de amnistía absoluta. Dicta el nuevo arancel aduanero.
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Se encuentra en el Desaguadero con el Presidente del Perú Agustín Gamarra, tras una fuerte tención militar entre ambos paises, y no se llega a ningun acuerdo.
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Decreta dos nuevos codigos el civil y el penal, inspirados en los codigos clasícos franceses y españoles, los primeros en America del Sur.
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La Asamblea Nacional aprueba una nueva Constitución, lo ratifica como Presidente Constitucional de la Republica.
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Se firma el tratado de Tiquina para mantener controladas las fuerzas militares de ambos paises.
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El censo arroja como resultado una población de 1.088.898 habitantes, a la vez comienza la construcción de la catedral en La Paz y Potosi y tambien se funda la Universidad Mayor San Simon en Cochabamba.
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Con el tratado de auxilio el Presidente del Perú solicita la intervención de Santa Cruz para poner el orden en ese país.
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El Gral. Felipe Santiago Salaverry expide tal decreto y el 27 Gamarra se alía con Salaverry en la guerra con Santa Cruz.
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Orbegoso decreta que el estado Nor Peruano disuelve sus vinculaciones. Mientras en agosto, generales peruana y chilenas entran en lima tras derrotar a Orbegoso.
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El ejército chileno se repliega al norte.
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El congreso extraodinario aprueba la asociación de Bolivia a Perú.
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A instancias Portales, el congreso chileno declara la guerra.
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Tras una larga campaña de desgaste, Santa Cruz rodea al ejército de Blanco en Paucarpata (en las afueras de Arequipa) pero prefiere tender una mano al militar, ofreciendole la paz, este acepta con el compromiso de dar por terminada la campaña contra la Confederación.
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Joaquin Prieto Presidente de Chile, desconoce el tratado de paz firmado por Manuel Blanco Encalada.
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Renuncia a la Presidencia de Bolivia y al protectorado de la Confederación.
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Es perseguido por lanceros chilenos, logra llegar a Islay y protegido por marinos ingleses zarpa en la fragata inglesa ¨Samarang¨ con rumbo a Guayaquil.
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En Yungay, 450 Km. al norte de Lima, 6.000 chilenos y peruanos derrotan a los 4.052 soldados confederados.
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El Congreso boliviano presidido por Serrano declara a Santa Cruz ïnsigne traidor a la patria e indigno del nombre de boliviano.
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Los gobiernos de Inglaterra y Ecuador abogan por la libertad del Mariscal, en Santiago los representantes de Perú, Bolivia y Chile acuerdan liberar a Santa Cruz con la condición de que se traslade a Europa y se comprometa a nunca mas pisar tierra americana.
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Muere en Versalles el 25 de setiembre.
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Depositados en un mausoleo erigido en la catedral de La Paz donde fue bautizado en 1792