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Alfred Wegener nació en Berlín, Alemania, el 1 de noviembre de 1880. Hijo de, Richard Wegener, teólogo y profesor de lenguas clásicas.
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Estudió desde 1900 hasta 1904 física y meteorología en la Universidad Friedrich Wilhelms de Berlín, bajo la enseñanza de Julius Bauschinger y obtuvo un Doctorado en Astronomía en 1905.
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En 1906 hizo su primera expedición a Groenlandia junto con el famoso meteorólogo Wladimir Köppen, con el objetivo de explorar la última parte desconocida de la costa noreste de Groenlandia
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Tras su regreso de la primera expedición que realizó a Groenlandia, en 1908 y hasta el estallido de la Primera Guerra Mundial fue profesor de meteorología, astronomía y física cósmica práctica en Marburgo.
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La semejanza de las costas de África y América del Sur le impresionaron y,por otra parte los biólogos hablaban de algún tipo de enlace entre estos continentes para explicar la existencia de fósiles similares en ambos. Esto llevó a Alfred Wegener a realizar su primer artículo sobre la deriva continental que fue publicado en 1912, pero se topó con una gran oposición por parte de un gran número de científicos; sólo algunos geodestas intentaron valorar su credibilidad mediante mediciones de latitud.
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Wegener participó en otra expedición a Groenlandia en busca de pruebas que confirmaran su teoría.
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Alfred Wegener participó en la Primera Guerra Mundial como un oficial de la reserva de infantería, fue calificado como no apto para luchar en el frente por lo que se le asignó al servicio de meteorología del ejército. El trabajo requería que viajara constantemente entre las diferentes estaciones meteorológicas en Alemania, los Balcanes, el frente occidental y los Estados bálticos.
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Durante un permiso, mientras servía en la Primera Guerra Mundial, escribió su famoso libro "El origen de los continentes y los océanos".
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Wegener dedicó estos años a escribir su libro "Los climas en el pasado geológico", el cual publicaría junto con su padre. En él trataba de sistematizar la nueva ciencia de la paleoclimatología en relación con su teoría de la deriva continental.
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Trabajó como profesor de meteorología en la Universidad de Graz, Austria.
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Wegener participó en una última expedición a Groenlandia, siempre en busca de nuevos indicios; sin embargo, desapareció entre los hielos y su cuerpo no fue encontrado hasta el año siguiente.