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Bajo el reinado de Almanzor el Califato de Córdoba alcanza su máximo apogeo. La villa califal de Medina Azahara es la cumbre de la arquitectura del periodo.
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Abú ul-Cásim negó la entrada a la ciudad al depuesto califa de Córdoba y se proclamó rey de la taifa de Sevilla presentándose como heredero político y religioso del califato de Córdoba.
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A partir del año 1009 se inicia una guerra civil (fitna) entre diferentes bandos que luchaban por el poder de Al-Ándalus. Los reinos cristianos se aliaron con unos u otros en función de sus intereses. El Califato terminó disgregándose en diversos reinos de taifas que tanto luchaban entre ellos como contra los cristianos.
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Al-Muqtándir rey de la tifa de Zaragoza manda construir el palacio de la Aljafería, palacio de los Reyes católicos y actual sede de las Cortes de Aragón
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Tuvo lugar entre Alfonso VI de León, apoyado por algunas tropas llegadas de Aragón, y los almorávides que habían llegado a la península para ayudar a algunas taifas de la zona sur. El rey Alfonso VI salvó su vida al salir huyendo de la batalla cuando las tropas de Yúsuf derrotanron al ejército cristiano.
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Los almorávides, tribu bereber formada por monjes-guerreros del norte de África de lengua árabe, aprovechan la debilidad el los reinos de taifas para tomar gran parte del sur de la península.
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Tuvo lugar cerca de Ciudad Real, junto al Castillo de Alarcos. Las tropas almohades derrotaron a Alfonso VIII de Castilla lo que supuso un periodo de inestabilidad del Reino de Castilla y que los almohades avanzaran hasta las cercanías de Toledo.
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El dominio almohade abarca de Túnez a Al-Ándalus. Son una tribu de lengua bereber que derrota a los almorávides y se impone como dominante en la zona. Fomentan la ciencia y la filosofía.
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Ibn Mardanís, llamado Rey Lobo por los cristianos, no dudó en contratar el servicio de mercenarios cristianos y en pagar parias a Ramón Berenguer IV y a su hijo Alfonso II de Aragón para poder expandir sus dominios en al-Ándalus a costa de los almohades y contar con periodos de paz en el flanco norte de sus reinos. El Rey Lobo supo aprovechar la debilidad de los almohades para conquistar parte de Al-Ándalus.
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Bajo la protección de los almohades se produce un florecimiento de la cultura en Al-Ándalus. Averroes es un ejemplo de ello escribió sobre medicina, lógica y metafísica. Hizo comentarios a los textos de Aristóteles. Sus textos fueron traducidos al latín y al hebreo y han tendido gran importancia.
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Judío sefardí nacido en Córdoba. Fue médico de Saladino. Escribió tratados de medicina, sobre los venenos, la Guía de la buena salud. Escribió obras filosóficas de gran importancia en el pensamiento medieval como el tratado sobre la resurrección de los muertos (1191)
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Cerca de Jaén, los reyes cristianos Alfonso VIII de Castilla, Pedro II de Aragón y Sancho VII de Navarra se enfrentaron al ejército de los almohades y de tropas norteafricanas. Se cree que en la batalla participaron unos 150000 hombres. Fue una batalla decisiva en el avance de los reinos cristianos hacia el sur de la península.
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Tras la derrota de los almohades en las Navas de Tolosa adquiere importancia la dinastía nazarí de origen árabe. Con el tratado de paz entre Muhammad I y Fernando III de Castilla se establece la dinastía nazarí como reyes de Granada.
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Es un tratado de paz firmado en 1244 entre la Corona de Aragón y la Corona de Castilla que fijó los límites del reino de Valencia. Lo acordaron Jaime I de Aragón y el infante Alfonso de Castilla que más tarde sería el rey Alfonso X el Sabio. Se acordó que: 'Que ninguno de los dos quite o disminuya al otro algo de la parte a cada uno asignada, ni de otro modo uno de los dos maquine astutamente algún obstáculo contra la ya dicha división'.
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Bajo el reinado de Muhammad III comienzan las obras de ampliación del Palacio de la Alhambra. Prácticamente todos los reyes nazaríes realizarán obras en el palacio añadiendo dependencias, jardines y patios.
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En el sitio de Huéscar las tropas de Ismail I de Granada usan por primera vez en la península el llamado fuego griego un arma que disparaba una bola de hierro a gran distancia y producía un gran estruendo. El reino nazarí también usó artillería en el sitio de Algeciras. posteriormente la artillería sería también usada en la Guerra de los Cien Años.
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Bajo el mandato del sultán Yusuf I se realizan algunas de los emplazamientos más importantes de la Alhambra como el complejo de loas Arrayanes o el patio de los leones.
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El rey Fernando I de Aragón toma la ciudad tras cinco meses de asedio de esta fortaleza difícil de conquistar y tras la heroica resistencia de sus habitantes, la ciudad cayó finalmente en manos del ejército aragonés al grito de: "¡Sálganos el sol por Antequera y sea lo que Dios quiera!".
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Es una familia noble muy influyente en el reino de Granada. En 1419 urdieron una conspiración para expulsar del trono a Muhammad VIII y nombrar en su lugar a Muhammad IX. Ocho años después, Muhammad VIII recuperó el trono. Perdonó a los Abencerrajes, esperando ganarlos para su causa. Es destacable el techo de la sala de los Abencerrajes en el Palacio de la Alhambra.
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El reino se Castilla se encuentra endeudado y la monarquía nazarí de Granada se niega a pagar las parias así que Castilla bajo el mando de la Reina Isabel, con el apoyo de las tropas aragonesas de su esposo Fernando, se propone conquistar el reino de Granada.
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El 25 de noviembre de 1491, Boabdil firmó el acuerdo de la rendición de Granada. Se acepta entregar la ciudad a Castilla, y los Reyes Católicos garantizan a los musulmanes tolerancia religiosa, el mantenimiento de ciertas costumbres y la posibilidad de emigrar a territorio musulmán. Boabdil entrega la ciudad el 2 de enero de 1492 a los Reyes Católicos, que culminan así la Reconquista. Los musulmanes que decidieron quedarse en territorio cristiano pasaron a llamarse mudéjares.