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Constitución de 1824 disponía el nombramiento de secretarios de estado «para el despacho de los negocios de gobierno de la República»,1 el primer presidente Guadalupe Victoria designó cuatro secretarios: del Interior y de Relaciones Exteriores; de Justicia y Negocios Eclesiásticos; de Hacienda; y de Guerra y Marina
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Siete Leyes Constitucionales de 1836, que convirtió a México en una república centralista, instauró como órgano supremo en el ejercicio político y administrativo del país al Supremo Poder Conservador un órgano colegiado integrado por cinco personas, que tenía superioridad jerárquica sobre los tres poderes, incluso del ejecutivo, el cual, permanecía a cargo de un presidente.
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Las Bases Orgánicas de 1841 repitieron el model de cuatro ministerios, pero la denominación del "Ministerio de Instrucción Pública e Industria" por el de ""Ministerio de Justicia e Instrucción Pública"
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En 1847 México regresa a su forma de gobierno federalista, pero mantuvo su forma administrativa hasta 1853 cuando el presidente en turno Antonio López de Santa Anna decide agregar un nuevo ministerio "de Fomento, Colonización, Industria y Comercio" y separa nuevamente las funciones de gobierno interno y relaciones diplomáticas y los deposita en el “Ministerio de Gobernación” y el “Ministerio de Relaciones Exteriores”
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Con la promulgación en 1857 de la nueva Constitución de México, la administración pública no sufrió cambios tan radicales: se conservó el sistema presidencialista y la división de las funciones administrativas en ministerios que en dicha carta magna fueron llamados «Secretarías de despacho» permaneciendo reservada la facultad de su nombramiento y remoción al presidente así como del resto de los empleados de la administración pública
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El presidente constitucional Venustiano Carranza promulga la Ley por la que se establecen las secretarías de Gobernación, Relaciones Exteriores, Hacienda y Crédito Público, Agricultura y Fomento, Comunicaciones y Obras Públicas, Industria, Comercio y Trabajo, y Guerra y Marina; así como los departamentos siguientes: Universitario y Bellas Artes, de Salubridad Pública, de Controlaría, de Aprovisionamientos Generales, y de Establecimientos Fabriles y Aprovisionamientos Militares.
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Los Encargados del Poder Ejecutivo, se Vieron En La Necesidad de Crear, Modificar o quitar ALGUNAS secretarías, ESTO con el fin de adaptarse y satisfacer las Necesidades Políticas, Sociales y Económicas
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creada el 15 de mayo de 2009, bajo el gobierno del Presidente Felipe Calderón Hinojosa, cuyo propósito es la revisión y validación de los instrumentos jurídicos que son sometidos a la consideración del presidente de la república, como pueden ser decretos, acuerdos, etc. Además tiene la tarea de elaborar o coadyuvar en la elaboración de las iniciativas de ley que la presidencia de la república presenta ante el Congreso de la Unión.