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Desde que México eligió la forma republicana de gobierno, poco después de declararse independiente, surgieron las primeras estructuras de gobierno y ejercicio del poder administrativo.
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Con las Siete Leyes Constitucionales de 1836, que convirtió a México en una república centralista, instauró como órgano supremo en el ejercicio político y administrativo del país al Supremo Poder Conservador un órgano colegiado integrado por cinco personas, que tenía superioridad jerárquica sobre los tres poderes, incluso del ejecutivo, el cual, permanecía a cargo de un presidente.
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Los ministerio de exterior y del interior se reintegrarían en el "Ministerio de Relaciones Interiores y Exteriores" y el espacio vacío fue ocupado por uno nuevo denominado "Ministerio de Instrucción Pública e Industria", que sería el antecedentes de futuros ministerios y secretarías de educación
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En 1847 México regresa a su forma de gobierno federalista
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Con la promulgación en 1857 de la nueva Constitución de México, la administración pública no sufrió cambios tan radicales: se conservó el sistema presidencialista y la división de las funciones administrativas en ministerios que en dicha carta magna fueron llamados «Secretarías de despacho» permaneciendo reservada la facultad de su nombramiento y remoción al presidente así como del resto de los empleados de la administración pública