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El primer conjunto de leyes u ordenamiento jurídico del México independiente fue la constitución de 1824, en donde se estableció un gobierno republicano, representativo y federal.
disponía el nombramiento de secretarios de estado «para el despacho de los negocios de gobierno de la República»,1 el primer presidente Guadalupe Victoria designó cuatro secretarios: del Interior y de Relaciones Exteriores; de Justicia y Negocios Eclesiásticos; de Hacienda; y de Guerra y Marina -
Que convirtió a México en una república centralista, instauró como órgano supremo en el ejercicio político y administrativo del país al Supremo Poder Conservador un órgano colegiado integrado por cinco personas, que tenía superioridad jerárquica sobre los tres poderes, incluso del ejecutivo, el cual, permanecía a cargo de un presidente.
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Con la promulgación en 1857 de la nueva Constitución de México, la administración pública no sufrió cambios tan radicales: se conservó el sistema presidencialista y la división de las funciones administrativas en ministerios que en dicha carta magna fueron llamados «Secretarías de despacho» permaneciendo reservada la facultad de su nombramiento y remoción al presidente así como del resto de los empleados de la administración pública.
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Las Secretarias de Estado son parte fundamental del desarrollo de las funciones del Poder Ejecutivo Federal. Como titulares de las Secretarias de Estado el Presidente de la República asigna a miembros de su gabinete para su representación, las funciones y atribuciones de cada una de las dependencias son fijadas por la Ley General de la Administración Pública Federal.
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La Secretaría "de Justicia e Instrucción Pública» había eliminado la función de "Asuntos eclesiásticos» para quedar acorde al principio de separación Iglesia-Estado, sostenido por la Constitución y las Leyes de Reforma.
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Se llevó a cabo mediante decreto del 23 de febrero de 1861, en donde se conservó la división de los ministerios en 6, que fueron llamados «Secretarías de Estado y de Despacho» y conservaron sus mismas funciones aunque con los títulos ligeramente modificados. e puso en práctica la creación de las secretarías.