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Nace en la casa solariega de Loyola (en la parroquia de Azpeitia, Guipúzcoa) donde vivía su familia, perteneciente a la nobleza del señorío de Vizcaya.
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Hijo de Beltrán Yáñez de Oñaz, señor de Ofiaz y de Loyola, jefe de una de las familias más antiguas y nobles de la región y de Marina Sáenz de Licona y Balda. Iñigo (pues ese fue el nombre que recibió el santo en el bautismo) fue el más joven de los ocho hijos y tres hijas de la pareja.
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De joven fue paje en la corte de Fernando el Católico. Hizo la milicia a las órdenes de Antonio Manrique de Lara, duque de Nájera, y participó en la represión de la revuelta de las Comunidades. Es educado como caballero en el palacio del revelador mayor de Castilla, Juan Velázquez de Cuéllar, en Arévalo (Ávila).
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A la edad de 16 años, Iñigo dejó su casa para servir de paje a Juan Velázques, Tesorero del Reino de Castilla. Con frecuencia estaba en la corte y desarrolló un gusto por el mundo material.
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Durante su recuperación, Íñigo pidió libros sobre caballería, su lectura favorita. No había ninguno en el castillo familiar donde convaleció, por lo que tuvo que conformarse con un libro sobre la vida de Cristo y las biografías de los santos, temas que encontró inesperadamente fascinantes, que le llevaron a consagrarse a la vida espiritual.
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Iñigo luchó contra los franceses en el norte de Castilla, pero su breve carrera militar terminó abruptamente el 20 de mayo de 1521, cuando una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha en defensa del castillo de Pamplona. Después de que Iñigo fue herido, la guarnición española capituló.
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Después de hacer confesión en el monasterio de Montserrat en 1522, se retiró a una cueva cerca de Manresa, donde vivió y rezó durante diez meses con una gran austeridad, tras lo cual emprendió un viaje de peregrinación a Jerusalén.
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Durante su penitencia de 10 meses, en una cueva de Manresa redacta, Ejercicios Espirituales, manual para la meditación sobre el sentido de la vida y el perfeccionamiento de una forma de vivir. Divididos en 4 periodos, trata desde la conversión de la persona pecadora; su adaptación al modelo de Cristo; el fortalecimiento a través de de la pasión y muerte de Cristo; hasta la transformación identificándose con el Salvador resucitado y triunfante glorificando a Dios Padre.
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1524'26. Estudia latín en la Universidad de Barcelona. Después estudia lógica en Alcalá de Henares. Comienza a impartir ejercicios espirituales, actividad por la cual es considerado sospechoso de alumbramiento, procesado y condenado a no predicar durante 3 años. 1527 – Se traslada a Salamanca, donde de nuevo es procesado. 1528 – Tras caminar durante varios meses, llega a París con la tentativa de estudiar en su universidad.
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1528 viajó a París, en cuya universidad estudió y se licenció en artes; al año siguiente fundó una fraternidad piadosa, con dos hombres que no solo se unirían a él en la formación de la Compañía de Jesús, sino que también serían canonizados como santos: Francisco Javier y Peter Faber.
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Los miembros que componen la fraternidad se dirigen a Roma, donde Loyola es ordenado sacerdote (1538) y obtienen el permiso oral del papa Pablo III, quien dio la confirmación oficial de la orden de los Jesuitas en 1540. En Roma fundó los colegios Romano y Germánico.
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Elegido superior general de la Compañía de Jesús. Redacta las Constituciones de la Compañía de Jesús. Se publican sus Ejercicios espirituales. Funda el Colegio Romano y el Colegio Germánico.
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Falleció en su celda de la sede de los Jesuitas en Roma.Fue enterrado en el lugar donde actualmente está la iglesia del Gesú en Roma.
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Canonizado por el papa Gregorio XV en 1622 y se le venera como patrón de los retiros. Su festividad se conmemora el 31 de julio.
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Ignacio y otros colegas realizan en Montmartre votos de indigencia, castidad y vida apostólica.