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Fueron un conjunto de lineamientos a manera de proyecto de constitución para México (entonces todavía Virreinato de Nueva España), redactado en abril de 1812,1 durante la guerra de Independencia de México por el general Ignacio López Rayón, y puestos a circular a partir del 4 de septiembre de 1812, en Zinacantepec, Estado de México, con el objeto de constituir una nación independiente de España.
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Mencionaba la facultad del Supremo Gobierno (depositario del Ejecutivo) para formar ministerios o despachos para el ejercicio de sus deberes, pero salvo el apartado que detallaba al de Hacienda,
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promulgó el Reglamento para su Gobierno Interior y Exterior de las Secretarías de Estado, donde quedó establecido que la regencia y el ente que se encargara eventualmente del poder ejecutivo, dispusiera de cuatro despachos: Secretaría de Estado y del Despacho de Relaciones Exteriores e Interiores; Secretaría de Estado y del Despacho de Guerra y Marina; Secretaría de Estado y del Despacho de Hacienda; y Secretaría de Estado y del Despacho de Justicia y Negocios Eclesiásticos.
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Se establecen cuatro ministerios (antes así llamados): Secretaría de Relaciones Exteriores e Interiores, de Justicia y Negocios Eclesiásticos, de Hacienda Pública, de Marina y de Guerra.
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Establece que habrá cierto número de secretarios y una ley para los negocios del gobierno, esto estipulado en el artículo 117.
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Se estableció un sistema centralista con la promulgación de las denominadas Siete Leyes, en 1837 hubo un intento por separar las áreas de Política exterior y Política interior, pero esto no se pudo realizar por la inestabilidad política, las cuales fueron una serie de instrumentos constitucionales que alteraron la estructura de la naciente La República Federal de los Estados Unidos Mexicanos a principios del siglo XIX.
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De esta manera, en 1853 al final de las múltiples idas y venidas de Antonio López de Santa Anna al poder, lanza el decreto Bases para la Administración de la República por medio del cual los ministerios vuelven a recibir el nombre de secretarías y la estructura administrativa aumenta y diferencia aún más sus funciones.
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Como consecuencia del movimiento liberal que concluye con el levantamiento de Ayutla y la promulgación de la Constitución de 1857.
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Se facultó al presidente nombrar a los secretarios y cambiar el nombre de los ministerios. que antes fueron creados cuatro ministerios (antes también llamados así): Secretaría de Relaciones Exteriores e Interiores, de Justicia y Negocios Eclesiásticos, de Hacienda Pública, de Marina y, de Guerra
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Una vez consolidada la Revolución que concluyó con la dictadura Porfirista, Venustiano Carranza expide, en abril de 1917, la Primera Ley de Secretarías y Departamentos de Estado por medio de la cual se establecen 5 secretarías y se introduce el concepto de Departamentos de Estado como dependencias auxiliares del presidente en los asuntos de carácter técnico.
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Sufre dos modificaciones durante el período Cardenista. La primera se hizo en diciembre de 1935 para dar lugar a la creación de tres departamentos: Autónomo de Asuntos Indígenas; Educación Física y el de Forestal de Caza y Pesca. En 1937 se crea la Secretaría de Asistencia Pública y la segunda modificación a la Ley se llevó a cabo en diciembre de 1939 con el objeto de separar las funciones de Guerra y Marina en: Secretaría de la Defensa Nacional y Departamento. Autónomo de la Marina Nacional.
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El Departamento del Trabajo se convierte en Secretaria del Trabajo y Previsión Social Desparece el Departamento. De Salubridad Publica y Se crea la Secretaria de Marina.
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Se crea la Secretaria de Bienes Nacionales e Inspección Administrativa. Se crea la Dirección de Organización Administrativa. 13 Secretarias y 2 Departamentos.
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La Secretaria del Patrimonio Nacional sustituye a la de Bienes nacionales e Inspección Administrativa. La Secretaria de la Presidencia La de Obras Publicas La Secretaria de Economía se sustituye a la de Industria y Comercio Se crea el Departamento de Turismo.
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Se crea la Comisión de Administración Publica, órgano dependiente de la Secretaria de la Presidencia.
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Se expande el sector paraestatal desordenadamente. La Dirección General de Estudios Administrativos.
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Crea la Primera Ley Orgánica de la Administración Publica.
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Se crea la Secretaría de la Contraloría General de la Federación como encargada del correcto funcionamiento de la Administración Pública Federal, en un intento de combatir la corrupción, Además las secretarías de Asentamientos Humanos y Obras Públicas, y Salubridad y Asistencia, se convirtieron en Secretaría de Desarrollo Urbano y Ecología, y Secretaría de Salud respectivamente.
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En 1992, se devuelve la responsabilidad de administrar el presupuesto a la SHCP, con lo que desapareció el despacho de Programación y Presupuesto. Ese mismo año, cambiaron las atribuciones del área de Desarrollo Urbano y Ecología para crear la Secretaría de Desarrollo Social; el cambio fue a la par del fuerte impulso que recibió el eje de la política social del gobierno, el programa Solidaridad; quedando este cargo de esta secretaría.
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Se crea la Secretaria de Medio Ambiente, Recursos naturales y Pesca. La Secretaria de Energía.
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Durante su gobierno el cambio más importante fue el de dirigir las facultades en materia de seguridad, de la secretaría de Gobernación a la nueva Secretaría de Seguridad Pública. El despacho de Comercio y Fomento Industrial se renombró Secretaría de Economía. Distintos cambios en las facultades trajeron la modificación en los nombres de algunas secretarías
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Durante su gobierno el proceso de modernización administrativa se llevará en dos instancias: primero, el Programa de Mejoramiento de la Gestión, (2007-2012) a cargo de la Secretaría de la Función Pública, y segundo, el Presupuesto Basado en Resultados y el Sistema de Evaluación del Desempeño, bajo la responsabilidad de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público.
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Se presentaron modificaciones, la desaparición de la Secretaría de Seguridad Pública para reintegrarla a Gobernación; la creación de la Secretaria de Cultura y la transformación de la Secretaría de la Reforma Agraria en Secretaría de Desarrollo Agrario, Territorial y Urbano; y la más importante, fue la reforma constitucional que separó del gabinete a la Procuraduría General de la República para crear la Fiscalía General de la República.
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Impulsó reformas a la ley orgánica de la administración pública federal, Siendo los cambios más relevantes la reaparición de la Secretaría de Seguridad Pública, cambio de denominación de las secretarías de Desarrollo Social y la de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación, la primera para llamarse Secretaría de Bienestar, y la segunda para simplificarse como Secretaría de Agricultura y Desarrollo Rural.