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Illia asume en octubre de 1963, sus políticas llevarían al país a vivir durante su mandato sin intervenciones federales y sin el plan CONINTES.
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Mediante los decretos 744 y 745, Illia declara la anulación de los contratos petroleros, estos contratos fueron declarados "nulos, de nulidad absoluta, por vicios de ilegitimidad y ser dañosos a los derechos e intereses de la Nación", de esta forma se observa como Illia toma sus propias medidas sin consultar a las fuerzas armadas.
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Una ley que significó un hito para el mandato de Illia fue la Ley de Medicamentos, la cual declaraba a los medicamentos como "bienes sociales al servicio de la salud pública", por lo que se regularizaron sus precios.
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El Plan Nacional de Alfabetización, fue un plan impulsado por Illia con el fin de que en cuatro años se bajara la totalidad de analfabetos adultos en un millón.
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En el año 1965 el gobierno convocó a elecciones legislativas eliminando todas las restricciones que pesaban sobre el peronismo. El peronismo triunfó ampliamente en las elecciones con 3 278 434 votos contra 2 734 970 de la UCRP. El triunfo del peronismo agitó la situación interna de las FF.AA.
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En el año 1965 las Naciones Unidas aprobaron la resolución 2065 que reconocía la existencia de una disputa por Malvinas entre la Argentina y el Reino Unido, la resolución fue un triunfo diplomático para el gobierno de Illia.
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Los medios jugaron un rol fundamental para hacer caer la imagen del presidente, mediante una campaña de desprestigio se logró tachar a Illia de lento e ineficaz mientras que paralelamente se lo trataba a Onganía como el único hombre que era capaz de reestablecer el orden en el país
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En junio de 1966, Illia es derrocado por las FF.AA, este será reemplazado por Onganía.
