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Elegido presidente por el Congreso constituyente en Junio de 1827.
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Donde aparecieron complicados el jurista Manuel Lorenzo de Vidaurre (uno de los sostenedores de la candidatura de Santa Cruz) y el guerrillero Ignacio Quispe Ninavilca.
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Jose de La Mar autorizó al Presidente de la República suspender las garantías constitucionales e investirse de facultades extraordinarias
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Las principales causas fueron:Ambiciones hegemónicas de BolívarPretensiones territoriales bolivarianas sobre Tumbes, Jaén y Maynas.Intervención de Gamarra en Bolivia.
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La segunda, promovida por el coronel Alejandro Huavique (), fue sofocada cuando el sargento mayor Felipe Santiago Salaverry dio muerte al conspirador, en duelo sostenido ante los soldados a quienes intentaba seducir.
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La tercera (mayo de 1828) dio origen a la dispersión de numerosos oficiales en apartadas guarniciones de provincia.
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Tratado de Paz firmado en Guayaquil el 21 de septiembre de 1829, denominado “LARREA – GUAL”. Por este Tratado, Colombia renunciaba a sus pretensiones sobre las provincias peruanas de Tumbes, Jaén y Maynas, en tanto que el Perú renunciaba para siempre a sus legítimos derechos sobre el puerto litoral de Guayaquil.
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En las batallas de SAN JOSÉ DE SARAGURO (13 de Febrero de 1829) y PORTETE DE TARQUI (27 de Febrero de 1829). La Mar negocia con Sucre firmando ambos el CONVENIO DE GIRÓN el 28 de Febrero de 1829. En este convenio se acordó: la desocupación peruana de Guayaquil y todo el territorio colombiano, el pago por parte del Perú de una indemnización a Colombia, y un cese a las hostilidades.
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Gobierno Autoritario.Elegido por el congreso y su vicepresidente fue el General Antonio Gutierrez de La Fuente.
Gobierrno comprendido entre 1829 y 1833 -
Firmado el 22 de septiembre de 1829 en la Gran Colombia y el Peru.
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En 1831 se produjeron tensiones con Bolivia, firmándose los Tratados de Arequipa y Tiquina, lo cual evitó un conflicto bélico con el país altiplánico.
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Se fima el 12 de julio de 1832 en Lima con el titulo de Amistad Alianza y Comecio"
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no completó su gobierno, pues falleció en la batalla de Ingavi, en Bolivia, durante el último intento de anexar dicha república al Perú, que fue una de sus más acentuadas obsesiones políticas.
