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Los primeros antecedentes históricos se encuentran en los documentos fundacionales u organizativos del movimiento Insurgentes. Los Elementos Constitucional de 1812,en concordancia con la concepción de Gobierno en un Estado.
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Mencionaba la facultad del Supremo Gobierno para formar ministerios o despachos para el ejercicio de sus deberes.
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La Junta Provisional Gubernativa, donde quedó establecido que la regencia y el ente que se encargara eventualmente del poder ejecutivo, dispusiera de cuatro despachos: Secretaría de Estado y del Despacho de Relaciones Exteriores e Interiores; Secretaría de Estado y del Despacho de Guerra y Marina; Secretaría de Estado y del Despacho de Hacienda; y Secretaría de Estado y del Despacho de Justicia y Negocios Eclesiásticos.
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En el contexto del establecimiento de un sistema centralista, hubo un intento por separar las áreas de Política exterior y Política interior, pero esto no se pudo realizar por la inestabilidad política. En los años siguientes dichas áreas fueron separadas y fusionadas ocasionalmente, cambiando también las facultades y atribuciones, incluyendo las de seguridad pública.
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Se constituyó a partir de funciones específicas, y hasta entonces poco asistidas, del resto de los despachos, como lo era el apoyo a la industria, la inventiva y el emprendimiento de negocios particulares; es decir, su área de políticas públicas correspondían a organizar el desarrollo del país. Esto durante el último gobierno de Antonio López de Santa Anna
Reforma administrativa, se empezaba a plasmar principios como la enseñanza científica
Se crea la secretaria de fomento -
La Secretaría de Justicia e Instrucción Pública fue dividida dos instituciones diferentes: la Secretaría de Justicia y la Secretaría de Instrucción Pública y Bellas Artes.
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Una nueva ley separó Relaciones exteriores y Gobernación; integró en nombre y responsabilidad el área de Agricultura a la secretaría de Fomento; en tanto que la de Industria y Comercio vio integrada en denominación y encargo el área de Trabajo (relaciones laborales institucionales), que en el marco de las reformas al Poder Judicial, e depositaban al poder ejecutivo las facultades de investigación, persecución y fiscalía de los delitos de orden federal.