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Al morir Moctezuma sube al poder Cuitláhuac pero poco puede hacer por su imperio ya que muere pronto a causa de la viruela y lo sucede en el trono el joven Cuauhtémoc . El 13 de agosto de 1521 Cuauhtémoc fue capturado, lo que significó la definitiva caída de Tenochtitlán en manos de los españoles.
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Hacia 1524, Alonso de Ávalos llegó al sur de Jalisco y se quedó con la encomienda más tarde conocida como Provincia de Ávalos.
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Al frente de trescientos españoles, de siete a ocho mil indios y con doce piezas de artillería, el “muy magnífico señor” (título que le correspondía como presidente de la Real Audiencia). Nuño Beltrán de Guzmán partió de la Ciudad de México, y pasó por Tzintzuntzan hacia los actuales territorios de Jalisco.
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Se inició el juicio de residencia contra Cortés debido a presiones de la audiencia, el motivo: la muerte de su esposa Catalina Xuárez Marcaida, ya que se lo acusaba de haberla asesinado.
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En 1529 la Corona española otorgó a Hernán Cortés el título de Capitán General de la Nueva España y regresó a México, por lo que Nuño de Guzmán decidió abandonar su cargo de Presidente de la Real Audiencia y organizó una expedición militar hacia el noroeste de México. Esta primera expedición tenía como fin de confirmar los rumores de la existencia de un territorio más al norte, y de ser así, fundar poblados.
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Nuño de Guzmán impuso el nombre de "Conquista del Espíritu Santo de la Mayor España" a los territorios explorados y conquistados por él, sin embargo la Reina de España Isabel de Portugal, no estuvo conforme con el nombre que le había otorgado Nuño de Guzmán al territorio conquistado por lo que el 25 de enero de 1531 ordenó que se nombrara al territorio conquistado como Reino de la Nueva Galicia y se fundase una ciudad con el nombre de "Santiago de Galicia de Compostela" como capital.
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Guadalajara en un principio estuvo en la Mesa del Cerro , hoy conocida como San Juan. La fundó el 5 de enero de 1532, Juan Cristóbal de Oñate quien al efecto había sido comisionado por Nuño de Guzmán. Este deseaba contar con una ciudad que le sirviera para asegurar sus conquistas y a la vez poderlas defender de la belicosidad de los naturales. La Villa de Guadalajara la fundaron 42 vecinos; el nombre de Guadalajara lo tomaron en recuerdo de Guadalajara, España, cuna de Nuño de Guzmán.
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La Guerra del Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas denominadas de forma genérica chichimecas pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI.
