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La gran ciudad llamada México-Tenochtitlán se rendía a los pies de los conquistadores españoles. Aquella caída fue sobre todo un nacimiento, el de esta nación, pero que se lo explicaran a los perdedores. El 30 de mayo de 1521, las huestes de Cortés inician el contraataque, con ochenta mil soldados tlaxcaltecas y trece bergantines recién construidos que acercarán la isla de Tenochtitlán.
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Durante el gobierno del primer virrey de Nueva España Antonio de Mendoza se inicio el proceso contra el. La corona española resolvió enjuiciarlo y envío al licenciado Diego de la Torre para investigarlo, quien lo encontró gravemente responsable, le quitó el gobierno de la provincia y lo remitió preso con grilletes a España, donde murió encarcelado en el Castillo de Torrejón de Velasco en marzo de 1558
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Conquista y colonización con un gran ejército compuesto de 300 españoles y 10,000 mexicanos.
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Emprendió una expedición para conquistar los reinos de la región occidental de Nueva España, proponiendose llegar por la costa hasta el paralelo 40 y de allí bajar a su gobernación panuqueña, y aumentar los dominios de su rey y señor con el inmenso territorio sometido, desde los actuales estados de Jalisco, Nayarit y Sinaloa hasta las huastecas.
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A la llegada de los españoles a Tonalá gobernaba la cacica Tzapotzintli, mejor conocida como Tzuapili o Cihualpilli. Nuño de Guzmán, conquistador oficial de Tonalá, entró a tierras tonaltecas el 15 de marzo de 1530, recibido con obsequios y gran festejo. Los locales entonces se volvieron inconformes ante la posesión española e iniciaron una campaña que no tuvo éxito.
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Los españoles llegaron a este lugar un viernes primero de abril del año de 1530, comandados por Nuño Beltrán de Guzmán que no encuentra a los pobladores porque se habían escondido en la sierra. Queriendo Nuño Beltrán de Guzmán contar con una base militar en este territorio, hoy Coatzacoalcos el 3 de diciembre de 1531 a Cristóbal de Oñate que fuera a Nochistlán y fundara la Villa de Guadalajara, lo que llevó a cabo el 5 de enero de 1532.
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La fundación en Tlacotlán ocurrió en 1535 pero en esta última colonización, los españoles llevaban una vida ardua debido a la carencia de alimentos en el área y la total falta de actividades económicas excepto del otro lado del barranco de donde se encontraban los colonizadores.
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Nuño de Guzmán, Diego de la Torre, Cristóbal de Oñate y Francisco Vázquez de Coronado, los primeros cuatro responsables de gobernar el territorio neogallego, emplearon sus energías y los exiguos recursos para pacificar distintos brotes de rebeldía. La amenaza, que comenzó a ser notoria desde finales de 1540 obligó a este gobernador a concentrar los escasos recursos que tenía a su alcance en la Guadalajara de Tlacotán, y a pedir auxilio al virrey de Nueva españa, Antonio de Mendoza.
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En el territorio que actualmente ocupa la Catedral de Santiago hubo un poblado romano, que se tiende a identificar como la mansio romana de Assegonia, y que existió entre la segunda mitad del siglo I y el siglo V. El poblado desapareció pero permaneció una necrópolis reutilizada como cantera que estuvo en uso quizás hasta la época del Reino Suevo de Galicia, llegando hasta el siglo VII.
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Después de muchos intentos infructuosos de los españoles por llegar a la cúspide del peño, lograron descubrir un paso que los condujo a este punto. Entonces tuvo lugar la batalla que termino el 16 de diciembres de 1541. En 1532, compostela y chiametla se levanto en armas y ante las pocas posibilidades que tuvieron de lograr el triunfo. Este levantamiento, que para muchos autores fue el preludio de la rebelión del Mixtón, Fue sofocado por el gobernador Diego Perez de la Torre.
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Finalmente los 63 peninsulares sobrevivientes, entre los que se encontraban Juan Cristóbal de Oñate, Antonio de Mendoza, Miguel de Ibarra, el desleal marqués Nuño de Guzmán, hallaron un lugar seguro contra el ataque de los pobladores del lugar en el valle de Atemajac (en un sitio llamado Tetlán por los nativos). El martes 14 de febrero de 1542 fundaron Guadalajara por cuarta y definitiva vez.
En agosto llegaron a la villa el título de ciudad y el escudo de armas. -
El 14 de febrero de 1542 se asentó la ciudad en forma definitiva y se celebró la primera reunión de cabildo en la que se nombró primer alcalde mayor a don Miguel de Ibarra.
La palabra Guadalajara, proviene del vocablo árabe "Wad-al-hidjara", que significa "río que corre entre piedras". -
Constituían un triángulo enclavado en los límites occidentales de la Nueva España, y meridionales de la Nueva Galicia, integrado en 1786 por las provincias o Alcaldías Mayores de Amula (Tuxcacuesco), Autlán de la Grana, Etzatlán y La Magdalena (Izatlán, Ahualulcos, etc.), Puerto de la Navidad, Sayula (Provincia de Ávalos) y Zapotlán el Grande (Ciudad Guzmán). Hoy día, el territorio abarcado por estas Alcaldías forma parte del estado mexicano de Jalisco.
