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El país se encontraba en muy mala situación, agotado por las continuas luchas entre los caudillos militares.
La venta de guano a Europa le permitió obtener ingresos suficientes para comenzar a mejorar el país. Con ese dinero pudo poner en marcha numerosas obras públicas, mejorando las infraestructuras. Igualmente, logró calmar la situación política. -
Castilla se declaró presidente provisorio, decretando la abolición del tributo indígena. Después, derrotó a los partidarios de Echenique en Izcuchaca, tras lo que firmó el decreto que abolía la esclavitud en el país, algo que provocó una reacción adversa por parte de los hacendados.
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El gobierno de Echenique, quien asumió la presidencia después de Castilla, se vio envuelto en diversos casos de corrupción. Castilla lideró a un grupo de jóvenes liberales que trataban de acabar con la presidencia de Echenique. La insurrección ganó pronto el apoyo de buena parte del país, desembocando en una auténtica guerra civil.
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Asumió la presidencia provisional luego de Echenique. Este mandato tuvo un marcado carácter liberal, que tomó medidas tan importantes como la libertad de prensa. Una de las primeras decisiones tomadas por el nuevo gobierno fue la convocatoria de elecciones constituyentes. Esas elecciones fueron las primeras con sufragio directo y universal, ya que se eligieron representantes al Congreso en lugar de a los Colegios Electorales, como sucedía hasta entonces.
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La Convención Nacional surgida de las elecciones rectificó a Castilla como Presidente Provisorio. Sin embargo, la forma de ser autoritaria del presidente hizo que pronto rompiera con los liberales y los sustituyese por hombres de su confianza.
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Inició en Arequipa. Los conjurados quemaron un ejemplar de la recién promulgada Constitución y comenzaron el ataque a las tropas gubernamentales.
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Los sectores conservadores del país se organizaron para derrocar a Castilla. El líder de la rebelión fue Manuel Ignacio de Vivanco. En un primer momento, los rebeldes, que dominaban la marina, intentaron dirigirse por mar hacia el norte, pero no triunfaron en su intento de unir a esa parte del país a su rebelión. Tras esto, marcharon hacia el Callao para intentar tomar la población. De nuevo, su intentó fue infructuoso. Estos fracasos provocaron que la rebelión quedara limitada a Arequipa.
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Aunque la rebelión había fracasado, Castilla decidió acabar con la presencia liberal en su gobierno. La Convención Nacional fue disuelta y el Presidente convocó nuevas elecciones.
El resultado confirmó a Ramón Castilla como Presidente Constitucional por un nuevo mandato de cuatro años. -
Armisticio firmado entre Ecuador y Perú luego de que en 1857 Ecuador, con el fin de saldar su deuda con sus acreedores británicos, cediera territorios que Perú consideraba propios. Esto hizo que ambos países rompieran relaciones. el Congreso peruano autorizó a Castilla a usar todos los medios disponibles para obtener satisfacciones por parte de Ecuador.
El bloqueo de la costa ecuatoriana efectuado por las fuerzas navales peruanas fue muy efectivo. -
España envió en 1862 una supuesta expedición científica hacia América al mando de Luis Hernández Pinzón.
Se produjo un incidente en la hacienda Talambo que dejó como resultó un español muerto. España reclamó una sanción y envió a Eusebio Salazar y Mazarredo como comisario regio. El Perú protestó, porque ese título solo era válido en las colonias españolas. Pinzón aprovechó esta situación y ocupó las islas guaneras de Chincha en abril de 1864. -
Las elecciones de 1862 habían llevado al poder al mariscal Miguel de San Román, al que Castilla había apoyado. El cual falleció tras apenas seis meses de gobierno.
Castilla asumió de nuevo el cargo de manera interina, ya que ninguno de los vicepresidentes se encontraban en Lima. Muchos temieron que Castilla aprovechara para perpetuarse en el poder, pero tan solo ocupó el puesto durante unos días, hasta que Canseco, segundo vicepresidente, regresó a la capital. -
Fue elegido senador por Tarapacá, así como presidente de su cámara. Pronto, empezó a mostrar su descuerdo con la política exterior del nuevo gobierno.
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El Perú buscó una salida diplomática al conflicto con España y firmó el Tratado Vivanco-Pareja, por el cual el Perú aceptaba la autoridad del comisario regio y pagaba la deuda de la independencia. España, por su parte, mantendría la ocupación de las islas guaneras hasta que el Perú cumpliera con sus obligaciones. La población rechazó la firma del tratado y se produjeron levantamientos.
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Se levantó en Arequipa el coronel Ignacio Prado. Dio un golpe de estado y exigió la retirada de la flota española.
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La difícil coyuntura económica de mediados del siglo XIX generó un clima de tensión entre España y sus antiguas colonias. Factores como el inicio de la expansión imperialista en Europa y los importantes ingresos generados por el guano influyeron en ello. Sin embargo, la excusa que originó la guerra fue la negativa de España a ratificar la independencia del Perú.
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La escuadra española continuó sus operaciones en Chile, bloqueó su costa e incursionó en sus puertos y afectó al comercio. Los chilenos lograron capturar la goleta Covadonga. Perú y Chile consolidaron una alianza a la que se sumaron Ecuador y Bolivia, esta alianza ayudo a la Guerra contra España. La escuadra peruana-chilena batió a la española en Abtao y la obligo a retirarse. Los españoles bombardearon Valparaiso el 31 de marzo y después se dirigieron al Callao.
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Toda la población de Lima y Callao se preparó para la defensa de la soberanía del Perú. El coronel José Gálvez asumió la responsabilidad de conducir las operaciones como Ministro de Guerra. España realizó el primer disparo a las 12:05. Al segundo disparo, las baterías peruanas abrieron fuego.
53 min. después se produjo una explosión en la Torre La Merced, pereciendo el coronel José Gálvez y 27 personas más. A las 5 p.m. la escuadra española se retiró de la bahía del Callao, aceptando su derrota. -
A su vuelta a Perú, Castillo recibió un homenaje en Lima. Sin embargo, sufrió un nuevo exilio por su oposición al presidente Mariano Ignacio Prado, esta vez en Chile. Desde allí, trató de rebelarse en defensa de la Constitución de 1860, que el gobierno planeaba sustituir por la de 1867, más liberal.
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Castilla protagonizó un desembarco en Tarapacá. Su intención era recuperar el poder, pero falleció mientras se dirigía hacia Arica. Sus últimas palabras fueron: «Un mes más de vida Señor y haré la felicidad de mi patria, sólo unos días más».