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La Orden Franciscana llega a Santafé de Bogotá como parte del proceso de evangelización de los indígenas y recibe un terreno en la actual Avenida Jiménez con Carrera Séptima.
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Un incendio destruye la iglesia original, lo que obliga a los frailes a reconstruirla con materiales más resistentes como tapia pisada y madera. -
La iglesia se reconstruye con muros de tapia pisada, techos de madera y columnas de ladrillo, consolidando su estructura. -
Se concluye el retablo principal, tallado en madera dorada con estilo barroco, considerado una de las joyas artísticas más importantes de Colombia.
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Un terremoto afecta gravemente la estructura, especialmente el campanario y la nave principal.
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Durante las guerras de independencia, la iglesia es saqueada y pierde varias de sus reliquias y objetos de valor.
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Con la desamortización de bienes de la Iglesia, el convento franciscano es despojado de muchas de sus propiedades y la iglesia sufre abandono. -
Se refuerzan muros y techos para evitar derrumbes.
Bogotá crece exponencialmente y la iglesia queda inmersa en el centro de la ciudad, con edificios modernos a su alrededor. -
Se declara Monumento Nacional de Colombia mediante el Decreto 1584 de 1975 (aunque su protección se reconoce desde 1960). -
Se integra al Plan Especial de Manejo y Protección (PEMP), que regula intervenciones en bienes patrimoniales.