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José Joaquín Pérez asumió como Presidente en 1861, como candidato de unidad y con él se acabó el período llamado "Época de los Decenios", debido a la duración del mandato de los Presidentes Prieto, Bulnes, Montt y Pérez.
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Chile intervino en el conflicto negándose a abastecer a los buques españoles primero y declarando la guerra a España seguidamente el 25 de septiembre de 1865.
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iniciado durante el gobierno de Montt continuó durante el mandato de Pérez. En el norte de Chile, comienzó la inversión para la explotación de minerales (salitre y cobre) en la zona de Antofagasta, bajo administración boliviana.
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En 1871 asumió como Presidente Federico Errázuriz Zañartu. Durante su gobierno se acabó la Fusión Liberal-Conservadora y se crea la Alianza Liberal, al unirse los liberales con el Partido Radical.
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Los roces diplomáticos entre Chile y Bolivia por la administración de la frontera norte del país y de los intereses chilenos en las minas salitreras provocaron el desembarco en Antofagasta, del 14 de febrero, dando inicio a la Guerra del Pacífico, el mayor conflicto bélico de la historia del país
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José Manuel Balmaceda fue electo presidente en 1886. Aprovechando los dividendos provenientes de la explotación salitrera, el gobierno de Balmaceda se caracterizó por la modernización completa del sistema económico, educacional y sanitario, y la construcción de grandes obras civiles
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En 1888 fue también incorporada la Isla de Pascua. Por otra parte, Chile renunció a su reclamación sobre el territorio de la Patagonia Oriental y de la Puna de Atacama.-