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Fue hijo de Carlos I e Isabel de Portugal.
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Heredó de su padre Carlos los territorios de la casa Borgoña y las coronas de Aragón y Castilla, con sus posesiones en Europa y América. Con la incorporación de del reino de Portugal y sus dominios en todo el mundo, se convirtió en el primer imperio mundial.
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Segundo matrimonio con María Tudor, reina de Inglaterra. Para poder casarse con ella se le dio la corona de Nápoles.
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Las guerras contra Francia continuaron, hasta la victoria definitiva de los tercios en la batalla de San Quintín y Gravelinas. En 1559 se firmó la Paz de Cateau-Cambresis y Felipe contrajo matrimonio con Isabel de Valois, hija del rey de Francia.
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La abundante población morisca del Reino de Granada se alzó en armas en protesta contra la Pragmática Sanción de 1567, que limitaba sus libertades culturales.
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Se enfrentaron en ella la armada del Imperio otomano contra la de una coalición católica, llamada Liga Santa, formada por el Imperio Español, los Estados Pontificios, la República de Venecia, la Orden de Malta, la República de Génova y el Ducado de Saboya.
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Juan de Escobedo, secretario de don Juan de Austria, que era gobernador de los Países Bajos y planeaba una guerra contra Inglaterra, vino a Madrid para obtener el apoyo de Felipe II, Allí descubrió hechos desfavorables para el poderoso secretario del rey Antonio Pérez. Escobedo fue asesinado y las sospechas recayeron en el secretario.
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Para celebrar la victoria de San Quintín, se construyó el monasterio de San Lorenzo de El Escorial cerca de Madrid. Llegó a convertirse en residencia real y en sede del gobierno. Terminó su construcción en 1584.
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Cuando el último rey de Portugal murió sin descendencia, Felipe reclamó el trono portugués , como hijo de Isabel de Portugal. Aunque hubo resistencias, lo aceptaron como rey
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Ante el apoyo que Inglaterra da a los protestantes de los Países Bajos, y los ataques a las flotas americanas, Felipe II creó la Grande y Felicísima Armada, para atacar a dicho país. El temporal y la estrechez del Canal de la Mancha destruyeron la mayoría de los barcos.
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El Reino de Aragón permaneció tranquilo durante la primera mitad del siglo XVI, mientras se desarrollaba la Guerra de las Comunidades en Castilla y las Germanías en Valencia, pero la segunda mitad del siglo estuvo marcada por una serie de conflictos que convulsionaron el reino y que culminaron con el enfrentamiento directo entre las instituciones aragonesas y el rey. Se distribuyen en dos partes, las Alteraciones de Teruel y Albarracín en 1572 y las Alteraciones de Zaragoza en 1592.
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La salud de Felipe II fue delicada durante la mayor parte de su vida, pero se fue deteriorando a medida que fue avanzando de edad. Cuando murió, convirtió a su hijo en testigo de su muerte. "Hijo mío, he querido que os halléis presente en esta hora para que veáis en qué paran las monarquías de este mundo", le dijo.