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La ciudad indígena de México-Tenochtitlan -hoy Ciudad de México- fue capturada luego de un estado de sitio y batallas encarnizadas que se prolongaron durante tres meses.
Era la conquista de México, la cual fue protagonizada por miles de guerreros con rostro y color de piel familiar para los mexicas que gobernaban aquella imponente urbe. -
Alonso de Ávalos recorrió el sur de la entidad y logro someter a varios pueblos entre ellos Sayula, Zacoalco, Atoyac, Teocuitatlan, Amacueca y Techaluta, casi sin violencia y respeto a las costumbres e instituciones indigenas. Estas tierras se le otorgaron en encomienda y administrativamente pasaron a ser parte de la Nueva España. -
La conquista y la colonización definitivas de Tzintzuntzan fueron emprendidas por el licenciado Nuño Beltrán de Guzmán de la Noble Casa de los Guzmanes, familia de comendadores, egresado de la Universidad de Alcalá de Henares, presidente de la primera Real Audiencia de la Nueva España y gobernador de Pánuco, provincia de la costa del Golfo de México . -
Nuño de Guzmán realizo una expedición en el occidente del país. Tras reunir una importante fuerza compuesta por trescientos españoles y seis mil indígenas se dirigió a Michoacán, donde apresó, torturo y dio muerte al emperador purépecha para obtener una supuesta riqueza. -
En ausencia del emperador, Carlos I expidió una real cédula en la cual le ordenó que cambiara el nombre de la Conquista de la Mayor España por el de Reino o Provincia de la Nueva Galicia, y que fundara una capital de sus conquistas con el nombre de Santiago Galicia de Compostela. -
Se comisionó, desde Toledo, al licenciado Diego Pérez de la Torre para formar juicio a Nuño Beltrán de Guzmán. En dicho juicio se le pedían cuentas de las responsabilidades de sus cargos. Guzmán quiso adelantarse a España para responder en persona primero se dirigió a la ciudad de México donde fue entrevistado. Allí Pérez de la Torre lo tomo preso. -
Los constantes abusos de los españoles en el occidente causaron un levantamiento indígena dirigido por Tenamaxtli y Coaxicarí. Pronto se extendió por la región caxana, la sierra de Tepic, el valle de Tlaltenango, la ribera del rio Juchipila, Nochistlán y Teocaltiche. Los españoles se alarmaron con este levantamiento y el gobernador Cristóbal de Oñate salió frente. -
La ciudad de Guadalajara fue fundada por cuarta y última vez en el Valle de Atemajac, sobre el margen del río San Juan de Dios.
Los primeros habitantes de Guadalajara fueron españoles peninsulares e indígenas, se calcula que la población inicial de la ciudad fue de aproximadamente 300 habitantes.