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Myles Frechette, en este informe denunciaba: "mentalidades de recuento de cuerpos" entre los oficiales del Ejército colombiano que buscaban avanzar a través de las filas. "Los oficiales de campo que no pueden mostrar un historial de agresivas actividades de lucha contra la guerrilla (donde ocurren la mayoría de los abusos de los derechos humanos cometidos por los militares) se ponen en desventaja al momento de la promoción".
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Describe una operación de falsos positivos en la que los paramilitares de la ACCU y el Ejército colombiano reclamaron casi simultáneamente el crédito por haber matado a dos guerrilleros desmovilizados durante mucho tiempo cerca de Medellín. El embajador Curtis Kamman lo llamó "un caso claro de complicidad paramilitar del Ejército", y agregó que era "difícil concluir algo más que que los paramilitares y los miembros del Ejército simplemente no entendieron sus historias de antemano
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Durante sus dos períodos presidenciales, Álvaro Uribe basó sus políticas en tres pilares, uno de los cuales fue la llamada seguridad democrática. Aunque el objetivo era recuperar el territorio que habían tomado los grupos ilegales, el camino se desvió en varias partes.
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Muchos de los casos carecieron del debido proceso. Así, para este periodo hubo detenciones sin fundamento de prueba, detenciones masivas que desconocieron el derecho internacional en medio de operativos militares y detenciones usadas como mecanismo de persecución política
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En Medellín (Antioquia), miembros de las Fuerzas Especiales del Ejército Nacional mataron a los jóvenes Arlet de Jesús Vallejo y John Fredy García en el corregimiento de San Cristóbal. Por el hecho el CTI capturó al capitán retirado Robinson Lozano por el delito de persona protegida
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En el corregimientode Atánquez, de Valledupar (Cesar), fue sacada de su vivienda a las 2 de la madrugada una pareja y su hija. Todos, indígenas Wiwas. Al día siguiente aparecieron asesinados en el sector El Paraíso, vestidos con botas y prensas militares y portando material bélico.
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En el ministerio de defensa, durante el gobierno de Álvaro Vélez, se expidio el 29 de noviembre del 2005, que por la captura de cabecillas o miembros que pertenecieran a grupos armados al regimen de la ley. Tendrian recompensas
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Explota el problema con unas dimensiones impensables y la primera reacción del Presidente Uribe fue calificar a las víctimas como guerrilleros y descartar la posibilidad de que fueran falsos positivos. Sin embargo, la realidad de los hechos los atropelló.
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Se hallaron los primeros cadáveres de jóvenes del sur de Bogotá, en fosas comunes en Santander y Norte de Santander. Y por primera vez el Gobierno empieza a preocuparse.
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Se hallaron los primeros cadáveres de jóvenes del sur de Bogotá, en fosas comunes en Santander y Norte de Santander.
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Se cuestionaron por parte del Partido Liberal los distintos supuestos atentados en Bogotá donde murió un indigente. Frente a estos planteamientos el Ministro Santos reaccionó de manera enfática desestimándolos
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Los falsos atentados en los cuales estuvieron comprometidos miembros del Ejército y la ex guerrillera Lidia Álape, el Ministro Santos nunca aceptó esta realidad ni se excusó con los senadores que habían planteado el debate. El problema continuó.
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Semana confirmó, gracias a las declaraciones del Fiscal, que si se dieron falsos atentados en los cuales estuvieron comprometidos miembros del Ejército y la ex guerrillera Lidia Álape.
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Los jóvenes vivian en casas humildes, el Ejercito Nacional les ofreció un trabajo donde se iban a ganar diez millones de pesos. Al poco tiempo de que estos jóvenes se hayan ido a "trabajar", se encontraron muertos con marcas de bala en Ocaña, Santander.
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En Soacha (Cundinamarca), miembros de la Birgada Móvil 15 el Ejército Nacional desaparecieron y ejecutaron al joven estudiante Jaime Estiben Valencia Sanabria, de 16 años de edad.
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Se hace la fundación de la MAFAPO (Madres de Falsos Positivos de Soacha y Bogotá) asociación conformada por madres, esposas, hijas y hermanas de los hombres asesinados por militares del Ejército Nacional de Colombia de manera ilegítima y presentados como muertes en combate entre 2006 y 2009
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Documento desclasificado de la CIA publicado por el National Security Archive reveló que los nexos entre las fuerzas militares y los grupos paramilitares eran conocidos por el gobierno de Estados Unidos desde el año 1994 y que los falsos positivos eran una práctica usual dentro del ejército.
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Philip Alston, relator especial de la ONU para las ejecuciones arbitrarias, en informe presentado tras su visita a Colombia, en junio de 2009, denunció que existe «un patrón de ejecuciones extrajudiciales» y que la impunidad abarca el 98.5% de los casos.
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Se dictó sentencia contra el teniente coronel Wilson Castro, comandante del Batallón Rafael Reyes; el teniente Villani Realpe, el sargento Eduardo Ñiámpira y los soldados Guillermo Pacheco, Carlos Álvarez, Nelson Ospina, Venancio Puente y Germán Augusto, por delitos como homicidio en persona protegida y desaparición forzada. Los oficiales y el suboficial, por falsedad ideológica en documento público y peculado por apropiación, por haber reportado ante sus superiores como legal un falso positivo
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Versiones de la familia del joven muerto aseguran que la policía lo hizo pasar como delincuente común a quien dieron de baja en medio de un asalto, colocándole un arma de fuego e incluso presentando un falso testigo quien afirmó ver al joven con otros más asaltando en el puente.El fiscal general Eduardo Montealegre califico el caso como un "falso positivo urbano".
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A mediados del 2013, la Fiscalía se encontraba con un poco mas de 4,716 denuncias de funcionarios públicos y entre ellas se encontraban 3925 de falsos positivos.
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La Fiscalía ordenó la captura de otros 22 militares por casos de falsos positivos en los departamentos de Antioquia y Cesar.
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Un juez de Cundinamarca condenó a 21 militares que estaban involucrados en la desaparición y muerte de 5 jóvenes de Soacha, entre ellos un coronel retirado que fue condenado a 46 años de prisión
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En 2018, MAFAPO presentó un informe detallado de los crímenes ante la JEP y en la audiencia del 10 de agosto de 2018, 14 militares implicados, incluido el coronel Gabriel de Jesús Rincón Amado, pidieron perdón ante las víctimas.