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Las antiguas civilizaciones utilizaron vasijas de arcilla para crear condiciones anaeróbicas, situación que los griegos y romanos aprovecharon para la fermentación del vino, cerveza y vinagre. En esta época los egipcios crearon el pan con levadura y el queso.
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Durante la primera guerra mundial, un científico británico llamado Chain Weizmann desarrolló un fermentador para la producción de acetona.
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La compañía Pfizer comenzó la producción de ácido cítrico mediante la fermentación de azúcar por Aspergillus Níger
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El fermentador consistía en un gran tanque cilíndrico con aire introducido en la base a través de una red de tuberías perforadas.
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Strauch y Schmidt patentaron un sistema en el que los tubos de aireación se introducían con agua y vapor para su limpieza y esterilización.
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Durante la Segunda Guerra Mundial se inició la producción en serie de penicilina como antibiótico para las tropas aliadas
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En 1943 el gobierno británico decidió que el cultivo de superficie era inadecuado, por lo que ninguna de las plantas de fermentación era adecuada para una fermentación profunda.
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El primer fermentador piloto fue erigido en la India en Hindustan Antibiotic Ltd
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Dalton creó un reactor que favorecía del crecimiento de microalgas y ciano bacterias
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Inició el control de biorreactores Fed-Bacht basados en la aplicación de sustratos limitantes de crecimiento.
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Se desarrolla un nuevo método de bajo costo para producir la vacuna contra la rabia humana. El protocolo, que utiliza un biorreactor de 30 litros resulta en un millón de dosis de vacuna y requiere solo tres técnicos para operar.