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Los españoles llegaron a tenochtitlan en el año 1519 pero no lograron tomar el control hasta el 13 de agosto de 1521. El Sitio de Tenochtitlan (1521), la capital del Imperio Azteca, fue llevado a cabo mediante la negociación entre los clanes locales y las divisiones anti-mexicas existentes y el conquistador español Hernán Cortés. Muchas batallas existieron entre los mexicas y los españoles, que ocurrieron principalmente en las ciudades de Cempoala, Texcoco y Tlaxcala.
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Alonso de Avalos se le comendaron dos sitios de ganado, con el tiempo fue expandiendo su territorio y se empezó a conformar la provincia avalos. Se fundó Sayula como capital de la Provincia de Avalos, en honor del conquistador español Alonso de Avalos. Una Real Cédula del 22 de diciembre de 1522, dice que Don Alfonso de Avalos fundó la ciudad de “Sayula como capital de la Provincia de Avalos “. Sayula, pasó luego a ser dependencia de la Nueva Galicia.
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Nuño Beltrán salió de la ciudad de México rumbo a lo que actualmente es Jalisco y en su recorrido paso por Tzintzuntzan. A la llegada de Nuño de Guzmán a Pánuco —actual estado de Veracruz— el 24 de mayo de 1527, la única villa española que existía era «Santiesteban del Puerto», que se encontraba a 357 km. de la ciudad de México
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En 1528 Beltrán recibió ordenes de iniciar un juicio en contra de Hernán cortes, y el 8 de mayo de 1529 todos los cargos de los que era juzgado fueron comprobados. En dicho juicio se le pedían cuentas de las responsabilidades de sus cargos.
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Nuño de Guzmán consiguió permiso para explorar las tierras occidentales del actual México, aún sin explorar, y montó una expedición con unos 300 españoles, algo más de 6 mil indios auxiliares y cañones, que partió el 21 de diciembre del año 1529. En julio del año 1530 la expedición llegó a la región de Aztlán
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En recuerdo de la ciudad de Santiago de Compostela de España y en cumplimiento de una real cédula dada en Ocaña el 25 de enero de 1531 por la reina de España doña Juana de Castilla, en enero de 1532 Nuño de Guzmán funda en Tepic la nueva ciudad de Santiago de Compostela como la capital de la Nueva Galicia.
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La Guerra del Miztón o Mixtón fue una serie de enfrentamientos bélicos entre varias tribus indígenas denominadas de forma genérica chichimecas—pertenecientes a la audiencia de Nueva Galicia, al poniente de la Nueva España, que se sublevaron contra el ejército español a mediados del siglo XVI. Durante esa época, varios pueblos indígenas ya habían sido conquistados previamente por los españoles, pero unidos rehusaron el sometimiento y se levantaron en armas. Empezó en 1540 y finalizo en 1542.
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El 14 de febrero de 1542 se asentó la ciudad en forma definitiva y se celebró la primera reunión de cabildo en la que se nombró primer alcalde mayor a don Miguel de Ibarra.
La palabra Guadalajara, proviene del vocablo árabe "Wad-al-hidjara", que significa "río que corre entre piedras".
