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Tras la "Operación Marquetalia" lanzada por el Ejército colombiano contra enclaves comunistas, campesinos liderados por Manuel Marulanda Vélez ("Tirofijo") fundaron las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), que se consolidaron como la principal guerrilla del país.
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Inspirado en la Revolución Cubana, el Ejército de Liberación Nacional (ELN) fue fundado por estudiantes y sacerdotes, incluyendo a Camilo Torres Restrepo. Se convirtió en una de las guerrillas más longevas de Colombia.
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El M-19 asaltó el Palacio de Justicia en Bogotá, tomando como rehenes a magistrados y civiles. La retoma por parte del Ejército resultó en la muerte de más de 90 personas y la desaparición de otras, marcando un hito trágico en el conflicto.
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El Movimiento 19 de Abril (M-19) firmó un acuerdo de paz con el gobierno, entregando las armas y convirtiéndose en un partido político, participando en la Asamblea Nacional Constituyente de 1991.
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Durante el gobierno de Andrés Pastrana, se estableció una zona desmilitarizada en San Vicente del Caguán para negociar con las FARC. El proceso fracasó debido a continuos ataques de la guerrilla y falta de avances concretos.
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El gobierno de Juan Manuel Santos y las FARC-EP firmaron un acuerdo final de paz en el Teatro Colón de Bogotá, tras cuatro años de negociaciones en La Habana. El acuerdo contempló el desarme y la reintegración de los excombatientes
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La Misión de la ONU en Colombia confirmó la entrega de 8.112 armas por parte de las FARC-EP, culminando el proceso de desarme acordado en el tratado de paz.
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El gobierno de Gustavo Petro instaló una mesa de diálogo en Montería con excomandantes de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), como Salvatore Mancuso y "Macaco", buscando su colaboración en la búsqueda de desaparecidos y reparación a víctimas.