Como gobernador de su estado natal (1847) procuró el equilibrio económico y ejecutó obras públicas: caminos, reconstrucción del Palacio de Gobierno, fundación de escuelas Normales
Al caer Santa Anna y llegar Juan Álvarez a la presidencia, nombró a Juárez Ministro de Justicia e Instrucción Pública (1855).
Al caer Santa Anna y llegar Juan Álvarez a la presidencia, nombró a Juárez Ministro de Justicia e Instrucción Pública (1855).
11 de enero de 1858 asumió la presidencia en Guanajuato por ministerio de ley.
En julio de 1859, con apoyo del grupo liberal, expidió las Leyes de Reforma, que declaraban la independencia del Estado respecto de la Iglesia
Al concluir la Guerra de Reforma con el triunfo de los liberales, fue electo constitucionalmente para continuar en la Presidencia (15 de junio de 1861).
Debido a la intervención francesa, en mayo de 1863 tuvo que dejar la ciudad de México, ejerciendo su gobierno desde diferentes puntos del país.
Regresó a la ciudad de México el 15 de julio de 1867, después de que Maximiliano fue juzgado y fusilado
En octubre de 1867 fue reelecto presidente de la República; se dedicó a organizar la situación económica del país, redujo el ejército, organizó una reforma educativa, ordenó sofocar los alzamientos militares y enfrentó la división de los liberales. Se mos
En 1871 fue reelecto por última vez como presidente
