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Nació en la antigua calle cordobesa de Las Pavas, en una casa propiedad de su tío Francisco Góngora, racionero de la catedral, aunque siguen existiendo dudas sobre eso.
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Tomó órdenes menores en 1575 y fue canónigo beneficiado de la catedral cordobesa, donde fue amonestado ante el obispo Pacheco por acudir pocas veces al coro y por charlar en él, así como por acudir a diversiones profanas y componer versos satíricos
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Desde 1589 viajó en diversas comisiones de su cabildo por Navarra, Andalucía y por Castilla. Compuso numerosos sonetos, romances y letrillas satíricas y líricas, y músicos que se interesaron en musicalizar estos poemas
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Durante una estancia en la Corte de Valladolid se enemistó con Quevedo, a quien acusó de imitar su poesía satírica bajo pseudónimo.
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En 1609 regresó a Córdoba y empezó a intensificar la fuerza estética y el barroquismo de sus versos
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Entre 1610 y 1611 escribió la Oda a la toma de Larache y en 1613 el Polifemo, un poema en octavas que parafrasea un pasaje mitológico de Las metamorfosis de Ovidio; el mismo año divulgó en la Corte su poema más ambicioso, las incompletas Soledades. Este poema desató una gran polémica a causa de su oscuridad y afectación
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El caso es que su figura se revistió de aún mayor prestigio, hasta el punto de que Felipe III le nombró capellán real en 1617. Para desempeñar tal cargo, se trasladó a Madrid y vivió en la Corte hasta 1626, arruinándose para conseguir cargos y prebendas a casi todos sus familiares.
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Al año siguiente, en 1627, tras una perdida la memoria, se marchó a Córdoba, donde murió de una enfermedad mental.
